і біологічні функції залишаються неясними. Однак, більшість повторюваних послідовностей, будь то кодують або некодуючі, проявляють несподівані властивості: вони розвиваються узгодженим чином. Хоча, тандемні повтори порівнюються в межах виду, а не між видами, передбачається, що вони розвиваються незалежно один від одного.
Молекулярний процес, який призводить до усереднення тандемно-повторюваних послідовностей ДНК, називається «узгодженої еволюцією». Узгоджена еволюція - це універсальним біологічним механізмом еволюції. У багатьох видів, починаючи від бактерій, закінчуючи ссавцями, до теперішнього часу процес гомогенізації генів не закінчений. Наприклад, розбіжність між тандемами генів 16S РДНК різних штамів Е. coli. всього лише 0,192%, тоді як між E. сoli і H. influenzae - 5,90%. Але в більшості організмів узгоджена еволюція завершилася. Механізм гомогенізації добре описаний на прикладі локусу RNU2 приматів, який кодує U2 мяРНК. Було доведено, що повтори гена U2, що з'явилися у стародавніх родичів приматів, стабілізувалися більше 35 мільйонів років і еволюціонували в узгодженій формі в різних лініях приматів. Зокрема, мавпи Старого Світу (бабуїни, макаки) мають повторювану одиницю U2 розміром 11 т.п.н. (Тисяч пар нуклеотидів), в той час як гоміноїди (гібони, орангутанги, горили і шимпанзе) і люди мають розмір цього ж блоку 6 т.п.н. Згодом було доведено, що різниця в 5 т.п.н. повторюваного U2 блоку між мавпами Старого Світла і гоміноїди пов'язана з видаленням 5 т.п.н. послідовності з 6 т.п.н. провируса, залишивши довгий кінцевий повтор (LTR) в 1 т.п.н. Таким чином, узгодженої еволюцією поширюється делеция більше 5 т.п.н. з одного повтору всіх копій в геномі гоминоидов. Узгоджена еволюція також спостерігалася в білок-кодують мультігенних сімействах, наприклад, кодують гістони і убіквітин, а також у некодуючих послідовностях, починаючи від величезних альфа-сателітних до простих повторів.
Величезна подібність повторюваних послідовностей всередині виду, а не між видами, може свідчити про те, що існують механізми, що підтримують гомогенним складу тандемних повторів. Внутрішньовидові гомогенні тандемні послідовності вважаються результатом низки рекомбінацій ДНК, репарацій, реплікацій, генних конверсій, ампліфікації та нерівного кросинговеру між повторюваними послідовностями.
Недавні дослідження мультігенних сімейства, що кодує мяРНК U2 і рРНК змусили інакше поглянути на механізми узгодженої еволюції. Людський локус RNU2 складається з декількох тандемних повторів довгою 6,1 т.п.н. і знаходиться тільки в одній ділянці хромосоми 17q21-22, тільки на кінці локусу BRCA1 (рис. 1). Число копій гена U2 змінюється в широких межах окремих осіб і населення, начиная від 5 до більше 30 копій в тандемі, що свідчить про високий рівень рекомбінації всередині або між локусами RNU2. Аналіз декількох поліморфних маркерів показав, що окремі повтори гена U2 є повністю однорідними для конкретних поліморфних аллелей, хоча різні аллели кожного маркера могли відбутися в будь-якій комбінації. Таким чином, гомогенізація послідовностей відбувалася, в основному, уздовж хромосомних ліній. З урахуванням цих результатів, передбачається, що основною рушійною силою узгодженої еволюції тандемно-повторюваних мультігенних родин є внутріхромосомная гомогенізація. Міжхромосомні генетичні обміни зустрічаються набагато рідше і протікають по типу генної конверсії.
