До місця заслання його везли в арештантських вагонах до Красноярська, потім, ще 110 кілометрів до селища Велика Мурта. Тут він працював у місцевій лікарні, всіляко принижуваний місцевими чиновниками.
У 1941 р. почалася Велика Вітчизняна війна і єпископ Лука звертається з листом до Голови президії Верховної Ради СРСР М.І. Калініну; «Я, єпископ Лука, професор Войно-Ясенецький, відбуваю заслання в селищі Велика Мурта Красноярського краю. Будучи фахівцем з гнійної хірургії, можу надати допомогу воїнам в умовах фронту або тилу, там, де буде мені довірено. Прошу посилання мою перервати і направити в госпіталь. По закінченні війни готовий повернутися на заслання. Єпископ Лука »[15]
Незабаром послідувала позитивне рішення: 30 вересня 1941 його на літаку доставили до Красноярська і призначили головним хірургом евакогоспіталю № 1515, де він два роки успішно лікував поранених воїнів Радянської Армії, поєдную роботу хірурга з дослідженнями вченого.
У зв'язку з зміною ставлення Сталіна до Православної церкви, в березні 1943 р., послідувало і призначення єпископа Луки архієпископом Красноярським. У тому ж 1943 р. він бере активну участь у підготовці та проведенні Собору єпископів Російської Православної Церкви для обрання Патріарха всієї Русі. Відкриття Миколаївської церкви, в якій відбувалися його регулярні богослужіння.
У 1944 р. посилання закінчилася і Лука був призначений архієпископом Тамбовської єпархії. Він організовує відновлення пошкодженого храму, одночасно проводить найскладніші хірургічні операції в Тамбовському евакогоспіталі, рятуючи тяжкопоранених бійців Червоної Армії, є консультантом хірургічних відділень міської лікарні
За видатну подвижницьку діяльність в лютому 1945 р. послідувало нагородження архієпископа Луки від Патріарха Алексія I з правом носіння діамантового хреста на клобуку. А із закінченням війни, в травні 1945 р. - нагородження медаллю «За доблесну працю у Великій Вітчизняній Війні 1941-1945 рр..
У 1946 р. сотоялась знаменна публікація фактично заново перероблених, на основі результатів роботи у евакогоспіталях Красноярська і Тамбова, праць «Нариси гнійної хірургії» і «Пізні резекції при інфікованих пораненнях великих суглобів». Праці Войно-Ясенецького виявилися настільки блискучими з позицій наукових досягнень у медицині, що за внесок у перемогу і наукові праці, Радянський уряд удостоїло В.Ф.Войно-Ясенецького (архієпископа Луку) Сталінської премії I ступеня з грошовою винагородою у двісті тисяч рублів, сто тридцять тисяч з них архієпископ Лука передав у фонд дитячих будинків.
У зв'язку з призначенням архієпископом Сімферопольським і Кримським, 26 травня 1946 він переїжджає в м. Сімферополь, а в 1947 р. публікується його робота «Дух, душа і тіло». І далі, з 1946 по 1961 рр.. слід архіпастирське служіння в Криму. Заслуги архієпископа Луки виразилися у відновленні розгромлених храмів, невтомній діяльності з воцерковлення населення, збільшення причту священиків. Проповідницька діяльність також проходила в боротьбі з протидією справі воцерковлення населення з боку місцевої влади Крим а й Сімферополя.
Незважаючи на остаточну втрату зору в 1958 р., архієпископ Лука продовжує служіння в храмі і не залишає управління Кримською єпархією. Однак здоров'я і сили були підірвані посиланнями, невпинними працями...
