мін на рівні достовірності в 5%, значення Z повинно бути більше або рівним 1,96. Необхідно відзначити, що для збільшення ймовірності відхилення нульової гіпотези про сталість швидкостей, для зовнішньої групи (кластер С) потрібно вибирати близькоспоріднені послідовності (Takezaki et al., 1995). Модифікацією двукластерного тесту є тест відносних швидкостей (relative-rates test), запропонований Лі та Бускет (Li, Bousquet, 1992) для двох поколінь з одного послідовністю у зовнішній групі.
3. Результати та обговорення
Для оцінки можливого числа алельних варіантів гена 18S рРНК, PCR-продукти 1760 пн ділянки рибосомной ДНК амурського осетра і калуги були клоновані. Серед 22 алельних варіантів A. schrenckii були відмінності по 16 однонуклеотидний і однієї восьмінуклеотідной вставкам, а також по 71 заміні (52 транзіциі і 19 трансверсії). 15 алелей 18S РДНК H. dauricus відрізнялися 14 однонуклеотидний і однієї восьмінуклеотідной вставками, а так само 58 замінами, з яких 40 транзицій і 18 трансверсії. Для порівняльного аналізу отриманих алельних варіантів, наші дані були об'єднані з даними генного банку по озерному осетрові (Acipenser fulvescens) (GenBank).
Мутаційні профілі амурського осетра, калуги і озерного осетра мали виражені відмінності один від одного (рис. 5). Основна відмінність амурських видів від озерного осетра полягало в меншій частці транзицій. A. schrenckii відрізнявся від А. fulvescens і калуги великою кількістю делеций. Калуга відрізнялася від інших видів більшою часткою вставок.
Рис. 5. Мутаційні профілі осетрових. Ts - транзіциі, Tv - трансверсії, Ins - вставки, Del - делеции, Compl - мутації, що включають більше трьох нуклеотидів.
Аналіз кількості мутацій показав, що амурські види відрізняються від озерного осетра більш низькою кількістю нуклеотидних замін у варіабельних і консервативних ділянках, в той час як число вставок і делецій близьке за значенням. Відмінності між амурськими видами полягали в більш високій кількості нуклеотидних замін у консервативних і делеций в варіабельних ділянках (табл. 2).
Таблиця 2. Кількість нуклеотидних замін на одну послідовність
УчасткиКонсервативныеВариабельныеВидыAfAsHdAfAsHdзамены3,351,952,131,274,941,73вставки0,060,180,270,771,181,2делеции0,470,050,070,550,120,07- Acipenser fulvescens; As - Acipenser schrenckii; Hd - Huso dauricus.
Аналіз поліморфізму послідовностей 18S РДНК, оціненого по ряду критеріїв не показав значних відмінностей між амурськими видами (табл. 3). Примітно тільки те, що H. dauricus має нижчий показник нуклеотидного різноманітності. У озерного осетра виявився найвищий рівень поліморфізму.
Таблиця 3. Поліморфізм послідовностей 18S РДНК трьох видів осетрових риб
ТаксониnShPi (SD) kA. fulvescens17131170, 01525 (0,00210) 26,647 A. schrenckii2267220, 01143 (0,00150) 19,991 H. dauricus1554150, 00967 (0,00224) 17,000
n - число клонів, S - число поліморфних (сегрегуючий) сайтів, h - число гаплотипов, Pi - нуклеотидное різноманітність (SD - стандартне відхилення), k - середнє число нуклеотидних відмінностей.
Аналіз розподілу нуклеотидних замін уздовж секвенований гена 18S рРНК показав, що перша половина гена амурських видів менш мінлива, ніж у північноамериканського осетра (рис 6). Друга половина гена ...
