ими групами здійснювався за допомогою програмного продукту HostDesigner. Так як алгоритм Linker дозволяє задавати геометричні характеристики тільки для донорних центрів і не дає можливості налаштовувати розташування центрів один щодо одного, розрахунки проводилися з використанням обох алгоритмів. br/>В
Рис. 6 - Підбір містка між донорними групами із застосуванням алгоритму Linker
При підборі містків алгоритмом Overlay в межах 5% варіювалися довжини зв'язків Eu-O і Eu-N. Початкові значення кутів NON, POP і NOP прирівнювалися 50 градусам, що більш-менш відповідає взаємному розташуванню десяти активних груп навколо центрального атома європію, і змінювалися програмою HostDesigner в межах 10%. br/>В
Рис. 7 - Підбір містка між донорними групами із застосуванням алгоритму Overlay
Результати розрахунків
В результаті роботи програми HostDesigner було отримано кілька сотень містків, відсортованих за значеннями RMSD та енергії конформації в наступному вигляді:
1: RMSD = 0.209, nrot = 2, E = _0.620_cis-bicyclo [4.4.0] decane
: RMSD = 0.212, nrot = 2, E = _5.292_bicyclo [3.3.1] non-2-ylidine
: RMSD = 0.214, nrot = 2, E = _4.232_bicyclo [3.3.1] nonane
: RMSD = 0.215, nrot = 2, E = _1.060_trans-bicyclo [4.4.0] decane
: RMSD = 0.216, nrot = 2, E = _1.060_1 ,1-dimethylcyclohexane
: RMSD = 0.217, nrot = 2, E = _1.060_trans-1 ,3-dimethylcyclohexane
: RMSD = 0.218, nrot = 2, E = _1.060_trans-bicyclo [4.3.0] nonane
: RMSD = 0.218, nrot = 3, E = _1.150_propane
: RMSD = 0.220, nrot = 2, E = _0.840_cyclohexene
В
Рис. 8 - Приклад пропилового містка між двома амінними групами
В
Рис. 9 - Приклад метілціклопентілового містка між двома фосфорильними групами
В
Рис. 10 - Приклад комплексу з урахуванням водневого зв'язку (етиленовий місток між фосфорильними групами і бутиленова - між амінними групами)
Для зменшення кількості отриманих результатів у першу чергу були відсіяні ненасичені вуглеводні і занадто екзотичні структури. Потім містки відбиралися за принципом найменших значень енергії конформації і середньоквадратичного значення невідповідності RMSD. З цією метою застосовувалася функція бажаності, яка дозволяє врахувати обидва цих параметра. br/>
Таблиця 3 - Реперні точки для побудови шкали бажаності
Задовільний значення (d = 0,8) Незадовільний значення (d = 0,2) RMSD0, 20,8 Енергія конформаціі0, 624,00
Значення узагальненого критерію бажаності розраховувалися окремо для кожного типу містків: між двома фенільними групами, між двома амінними групами, між центральним атомом азоту і фенільною групою. Після цього отримані значення узагальненого критерію бажаності приймалися за приватні критерії бажаності і служили вихідними даними для розрахунку повної функції бажаності, що поєднує...
