ю групи позбавлених листя рослин - хвощів, колись панували на земній кулі і залишили скам'янілі відбитки у відкладеннях кам'яновугільного періоду, в заповіднику зустрічаються 8 видів. З них - більше поширеними є хвощ польовий, річковий, зімующій, луговий і лісовий.
У заповіднику налічується 25 видів папоротей. Найбільша їх різноманітність спостерігається у вологих темнохвойних лісах північного макросхилу хребта. Тут звичні щитовник чоловічий, фегоптерис зв'язуючий, голокучник трироздільний. По долинах річок численний страусник звичайний, що вражає декоративною пишнотою своїх величезних вай. Суцільні зарості у високогір'ї північного схилу утворює орляк звичайний. До екстремальних местообитаниям у високогір'ї, скелястих схилах і кам'яним осипам тяжіють вудсія Ельбські, міхурник гірський, щитовник пахучий.
До однієї з найцікавіших груп відноситься сімейство ужовнікових .. За зовнішнім виглядом, анатомічною будовою та іншим біологічним особливостям вони помітно відрізняються від інших папоротей і займають досить ізольоване таксономічне положення. Чотири з п'яти, що зустрічаються в заповіднику, видів цього сімейства занесені до Червоної книги Бурятії. Це гроздовнікі північний, ланцетоподібний, многораздельних і віргінський.
Представники сімейства соснових є на території заповідника головними лісовими породами, до них відносяться ялиця сибірська, сосна сибірська (кедр), сосна звичайна, ялина сибірська і модрина сибірська. У лісовому поясі північного макросхилу переважають ялиця і кедр, на південному звичайні сосна і модрина. У заповіднику і на прилеглій території росте рідкісна по красі блакитна ялина, точніше сізохвойная форма їли сибірської, внесена у свій час до Червоної книги СРСР. Судячи з усього, на виникнення і збереження сизого воскового нальоту на хвої впливають умови місцеперебування, зокрема підвищена вологість повітря. Явище це ендемічної і поки до кінця не вивчено. Ліси за участю блакитної ялини займають близько 12 тис. га і поширені в северозападной частини території заповідника, що відрізняється підвищеною вологістю. Блакитна ялина входить в основному до складу ялицевих, кедрових, ялинових і тополевого лісів. Особливо часто вона зустрічається в чорничному і шірокотравном типах лісу, поширених на стародавніх байкальских терасах і в низов'ях річкових долин. Цікаво відзначити, що при вивченні блакитної ялини, що зустрічається в кедрових лісах, було звернуто увагу на не зовсім звичайний вид хвої деяких кедрів. При подальшому їх дослідженні з'ясувалося, що цим особинам притаманний прискорений, однорічний цикл розвитку жіночих шишок. Ці дерева, складові дуже малу, менше одного відсотка, частина популяції, відрізняються цілим рядом ознак: в 1,5 рази більшою довжиною хвої, кількістю хвої в пучку, що досягає 10, здатністю утворювати осінню та весняну мутовку гілок та іншими ознаками. Аналогічна знахідка була зроблена у передгір'ї Західного Саяна лісоводом-генети...
