дних штатів США побоювалися того, що виникнення нових південно-західних штатів неминуче призведе до спаду їх власного політичного впливу в країні.
У травні 1803 р., незабаром після підписання угоди про продаж Луїзіани Сполученим Штатам, Наполеон I оголосив війну Англії, яка тривала 12 років. Джефферсон вважав за краще залишатися по можливості в стороні від європейського конфлікту - в цьому питанні він був вірним послідовником завіту Дж. Вашингтона про необхідність збереження Сполученими Штатами «відстороненості» від будь-яких політичних і військових сутичок європейських держав. Але зберігати таку позицію Джефферсону з кожним роком було все важче, оскільки ворожнеча між Францією, Великобританією та Іспанією неминуче поширювалася і на заокеанські володіння цих держав і відбивалася на зовнішній торгівлі і судноплавстві США. За роки війни Англія захопила ок. 1000 американських кораблів, а Франція - бл. 500. Крім того, англійські військові кораблі захопили ок. 10 ТИС. моряків - членів екіпажів американських торгових суден, серед яких було чимало колишніх англійських моряків, і змушували їх вступати у військово-морський флот Великобританії. Подібні дії завдали серйозної шкоди зовнішній торгівлі США, не кажучи про порушення англійцями життєво важливого для американців принципу вільного судноплавства.
На початку нового президентського терміну Джефферсона уряд визнав неможливим подальше бездіяльність перед обличчям незаконних дій Англії на морях і зажадало виведення її військових кораблів з американських територіальних вод. Однак ця акція не мала успіху. Дедалі більше загострюється англо-французьке суперництво на морях підштовхнуло адміністрацію США до внесення на затвердження конгресу в грудні 1807 Закону про ембарго. Після його затвердження американцям дозволялося торгувати лише в національних кордонах. Заборона на торгівлю з будь-якою країною світу не міг не позначитися на обсягах зовнішньої торгівлі - тільки за один рік (з 1807 по 1808 р.) обсяг експорту США скоротився в п'ять разів. Пропорційно реквізувати або бездіяльним американським торговельним кораблям в країні збільшувалися нереалізовані запаси продовольства і товарів, зростало безробіття, множилося число збанкрутілих торговців, промисловців і фермерів. Вина за негаразди покладалася на республіканську адміністрацію і президента, що ініціювали закон, який порушував, за твердженням опозиції, індивідуальні громадянські свободи і завдавав більше шкоди Сполученим Штатам, ніж Англії чи Франції. Повсюдно росло обурення, котре загрожувало призвести до розколу країни і відділенню від Союзу деяких штатів.
Вибори до місцевих легіслатури Нової Англії вперше з 1800 р. принесли перемогу федералістам, ряд законодавчих зборів штатів ухвалили резолюції про неконституційність Закону про ембарго. За кілька днів до закінчення свого другого президентського терміну Томас Джефферсон був змушений підписати новий Закон про припинення відносин.
Він скасував Закон про ембарго і відновив торговельні відносини з усіма країнами, за винятком Англії та Франції, що перебували у стані війни один з одним, а також їх колоній. Торгівля з ними була дозволена лише за умови, що вона не порушить інтереси нейтральних держав).
Єдиною акцією адміністрації Джефферсона, що не викликала критики опозиції, були військові дії проти морських розбійників «Піратського берега» - Середземноморс...