У нижній частині північного макросхилу хребта переважно поширені папоротевих-різнотравні ялицеві та ялицево-кедрові ліси іноді зі значною участю берези, з добре розвиненим підліском з крупноствольних горобини, черемхи, верб, вільшняка, з підростом з лісоутворюючих порід. На початку вегетаційного періоду тут часто аспектує синузии ефемероїдів (Мартусова, 1989). По заплавах річок зустрічаються тополеві ліси з переважанням тополі запашного, що містять у трав'янистому ярусі реліктові види. На прібайкальскіх терасах, як правило, поширені перемежовуються з верховими осоково-сфагнові болотами вторинні березняки з підростом з кедра, ялиці і їли. Подекуди вони вже заміщені молодими кедровниках. Верхня частина лісового пояси представлена ​​смерековими, смереково-кедровими, кедровими чорнично-зеленомошнимі, чорнично-папоротевими, трав'янисто-зеленомошнимі, різнотравно-вейніковимі, ​​Баданова-зеленомошнимі та іншими типами лісу. У підліску нерідкі кедровий і пихтовий стланики. На крутих ділянках схилів зустрічаються кедрачи ​​Баданова. Верхня межа лісу проходить на висоті близько 1600 м н.р.м. і утворена редкостойнимі смерековими і ялицево-кедровими лісами паркового вигляду без підліску і з рідкісним підростом. У трав'яниста ярусі тут ще зустрічаються лісові види, але панує субальпійське різнотрав'я. На південному макросхилі Хамар-Дабан, в нижній його частині, переважають сосново-модринові за участю кедра і берези лісу мохово-лишайникового і рододендронове типів. Особливо круті схили південної експозиції зайняті розрідженими сосново-модриновими лісами і остепненного відкритими місцями - В«УбураміВ». Верхню частину лісового поясу тут займають модриново-кедрові і кедрові ліси чорнично-брусничний-зеленомошно, ерниковиє і мохово-лишайникового типів. Верхня межа лісу на цьому макросхилі утворена в основному кедровниках, нерідко з заростями чагарникових беріз та верб.
На частку субальпійського пояси в заповіднику припадає близько 30% території. На північному макросхилі хребта цей пояс добре виражений і представлений субальпійськими луками, внизу зазвичай змішуються з смерековими В«паркамиВ», а вгорі губляться в заростях кедрового стланика. Травостій субальпійських лук досить бідний за своїм видовим складом, але, в силу надмірного зволоження, вражає потужним розвитком. Основу його зазвичай складають осоки, вейники, шабельники, осот девясиловое, чемериця Лобеля, борець північний, стеммаканта хамарская та інші види. Кам'янисті схили північної експозиції займають зарості кедрового стланика. Висота стовбурів сланика коливається від 0,5 до 3 м. У напочвенном покриві стланикової заростей зустрічаються рододендрон золотистий, филлодоце блакитна, брусниця. По відносно пологим сухих схилах зустрічаються кустарнічковие пустки, зайняті тими ж видами з додаванням чорниці, бадану і дріади острозубчатимі. У більш вологих місцях кустарнічковие пустки переходять у Пустошний луки. На південному макросхилі субальпійський по...