першість Другої ліги і, фінішувавши другим у Першій, вийшов у Вищу лігу, де в 1998 році відразу завоював срібні медалі.
У 1999 році «БАТЕ» захопив лідерство з перших турів і, так і не віддавши його нікому, вперше у своїй історії став чемпіоном Республіки Білорусь. 1999 також став для клубу дебютним у єврокубках. За «БАТЕ» тоді виступали нинішні лідери збірної Білорусі Олександр Глєб, Віталій Кутузов, а також нинішній головний тренер Віктор Гончаренко. 2000 знову став для «БАТЕ» срібним. Чемпіонат 2001 приніс клубу бронзові нагороди.
Сезон 2002 року став для «БАТЕ» неоднозначним. Борісовчане вперше пробилися у фінал Кубка Білорусі, але з рахунком 0:2 поступилися «Гомелю». Вдало склався сезон на європейській арені. Виступаючи в Кубку Інтертото, «БАТЕ» здобув переконливу перемогу над представником німецької Бундесліги, клубом «Мюнхен - 1860», а потім практично на рівних зігравши з італійською «Болоньєю». На фініші чемпіонату «БАТЕ» у відчайдушній боротьбі досяг лідирував «Німан» і в «золотому» матчі чемпіонату, завдяки голу Валерія Тарасенко в додатковий час, здобув перемогу з рахунком 1:0.
У чемпіонаті 2003 року «БАТЕ», незважаючи на впевнену гру, до кінця сезону залишався на п'ятому місці. В останньому турі чемпіонату йому належало зустрічатися на виїзді з мінським «Динамо». Ця зустріч повинна була дати відповідь на питання, на якому місці опиниться «БАТЕ»: на другому або п'ятому. Але матч завершився впевненою перемогою «БАТЕ» 4:0, і команда знову завоювала срібні медалі.
У 2004 році «БАТЕ», невдало виступив у Кубку УЄФА, в кінцівці чемпіонату знову претендував на найвищі місця за тур до фінішу, відстаючи від «Динамо» з Мінська на два очки. І знову остання зустріч чемпіонату попереду була з лідером на виїзді. Проте цього разу торішньому тріумфу не судилося повторитися. Поступившись 0:2, «БАТЕ» посів друге місце.
Сезон 2005 року став найважчим в історії «БАТЕ». По-перше, в кінці попереднього сезону команду залишив її беззмінний тренер Юрій Пунтус, якого на тренерському містку «БАТЕ» змінив Ігор Кріушенко. По-друге, в новий клуб Пунтуса перейшли ряд молодих гравців, на яких в цьому сезоні покладалися великі надії. «БАТЕ» поступився у фіналі Кубка «МТЗ-РІПО», а за підсумками чемпіонату виявився на п'ятому місці, вперше в новітній історії залишившись без медалей.
У 2006 році відзначався десятирічний ювілей відтворення клубу. І «БАТЕ» гідно відзначив цю дату. Борісовчане вперше стали володарями Кубка Білорусі, у фіналі в додатковий час з рахунком 3:1 перемігши солігорський «Шахтар». У чемпіонаті «БАТЕ» також фінішував першим, таким чином, зробивши своєрідний дубль. Але на європейській арені клуб виступив невдало, поступившись у другому кваліфікаційному раунді Кубка УЄФА казанському Рубіну в обох зустрічах із загальним рахунком 0:5 [3].
У 2007 році «БАТЕ» вийшов у третій кваліфікаційний раунд Ліги чемпіонів УЄФА. У першому кваліфікаційному раунді «БАТЕ» програв у гостях кіпрському «АПОЕЛ» 0:2, однак у домашньому матчі зумів схилити чашу терезів двухраундового протистояння на свою користь, обігравши суперника з рахунком 3:0. У другому матчі був впевнено переграний ісландський «Хафнарфьордур» - 3:1 на виїзді, 1:1 у домашньому матчі. У третьому раунді суперником «БАТЕ» був румунський клуб «Стяуа». Перший матч в Борисові завершився з рахунком 2...
