і візуальний огляд використовується до цих пір для оцінки окремих випадків і для біологічних результатів і технічних спостережень, які можуть бути використані для поліпшення прогнозування алгоритму. У цьому розділі йдеться про повідомлення, які висвітлюють графічні засоби для аналізу послідовності. В
Візуалізація вирівнювання
Аналіз вузлів і зчитування вирівнювання часто передбачає аналіз послідовності власне зчитування, а всі кошти, перераховані в таблиці 1, забезпечують огляд уніфікованих зчитувань основ. Зчитування послідовності, як правило, надано у вигляді рядка, відбувається горизонтально зліва направо і укладається вертикально. У разі асемблювання, користувач може сканувати зчитуванням з стека відповідного стовпця.
Основна властивість часто ідентифікується з градацією сірого і грунтується на протиріччі з узгодженням, що додає особливого значення квітам. Деякі інструменти мінімізували візуальні перешкоди, в стеку зчитування виділяючи тільки протиріччя і приховуючи всі послідовні пари основ (наприклад, програма інтегративної геноміки, Національний центр біотехнологічної інформації, перегляд програми архіву асамблеї, вирівнювання тексту в програмі перегляду SAM tools). Більшість коштів, побудованих до появи наступного покоління послідовності, продовжують надавати підтримку візуалізації основних первинних даних для Сенгер зчитування окремих слідів перегляду. Наприклад, у популярній програмі Consed В«слідВ» вікна може бути запущений з В«відповідного вікнаВ» і рух курсора синхронізується. Цей режим дозволяє користувачеві перевіряти позиції конфліктуючих баз і виявляє джерело невизначеності в рамках первинних слідів безпосередньо.
В значній мірі NGS дані змінилися настільки, що користувач зможе оцінити невизначеність основних консенсусів. Наприклад, Consed дозволяє користувачеві перевіряти недопрацьовану Рош 454 послідовності даних, а у разі Illumina і Applied Biosystems забезпечує надійність інформації, у разі якщо немає недотягнутих слідів зчитування, а є тільки дані у вигляді зображення (Детальна інформація про ці технології секвенування розглядається в іншому місці). Consed та аналогічні програми не відображають первинні зображення даних, зокрема тому, що їхні великі розміри роблять їх занадто дорогими для того, щоб зберігати їх у мережі, а також повільно відображаються на екрані
Однак висока швидкість зчитування, межує з генеруванням NGS часто, полегшує, можливість пильно вивчати якесь зчитування. Користувач може виявляти або обчислювати одне підозріле підставу протягом одного зчитування, порівнювати з відповідним підставою в інших зчитування вирівнювання розміщених в інших місцях.
Пристрій виведення автоматичного секвенування збирає незавершені програми і повторює місце зчитування, зчитуючи на відстані.
Наступний крок В«ЗавершенняВ» включає в себе виключення прогалин, виправлення неправильно зібраних і можливість виправлення помилок узгоджених основних компонентів. Спеціалізована обробка програмного забезпечення спрощує цей процес за рахунок автоматизації і дозволяє користувачеві виконувати перераховані вище завдання. У деяких випадках автоматичного оброблення достатньо, наприклад, у виконанні Autofinish, оскільки ця програма, розглядає вихід зібрань програм і пропонує введення лабораторних даних (Наприклад, специфічних праймерів для ПЛР). p> Проте, в інших ситуаціях ручної перевірки і редагування необхідно до доповнення по автоматизації прогалин Consed і комерційно доступних Sequencher (ген кодує корпорація) і Lasergene (DNASTAR) широко використовувати обробні програми, які надають багаті функціональні можливості редагування і відстеження історії і дозволяють користувачеві окремо, вручну приєднуватися до сусіднього, що відрізняє їх від статистичного вирівнювання програм перегляду, які не можна редагувати (таблиця 1).
У більшості послідовностей протоколів діапазон розмірів фрагментів геному невідомо. Послідовність зчитування, отримана з різних кінців одного і того ж джерела геномного фрагмента (В«математичної париВ»), тому припускаємо інтервал (В«вставити розмірВ») і вважаємо орієнтацію (1 верхня нитка зчитування та одна нижня нитка зчитування). Одна з пар, яка порушують ці просторові обмеження, може бути використана для виявлення незібраних, а одна з послідовних пар може бути використана для їх приєднання.
Consed збори програм перегляду В«зображує одну з пари як кольорові лінії, що охоплюють сусідні, зображуючи останні горизонтально орієнтованими блоками. Цей дисплей візуально розділяє В«послідовніВ» пари (ті, які передбачуваного розміру і орієнтації) шляхом побудови їх вище або нижче наборів генів зчитування, які пов'язані один з одним перекриванням їх послідовностей, що дозволяє виявити неправильну збірку (Рисунок1). Одна з переваг цього методу, є те, що він дозволяє вести інтерактивну фільтрацію відображуваних даних (наборів генів зчитування, аналогічних послідовностей і т.д.). Незважаючи на ...
