. 90% території НП становлять широколисті ліси та їх дрібнолисті похідні. Однією з основних лісоутворюючих порід є липа, яка займає 55,6% території парку. Виростають також осика (10,5%), береза ​​(10,46%), дуб (10,23%), іноді зустрічаються ялинові і соснові деревостани (2,6%). По річках Нугуш і Біла на невеликих площах поширені соснові та реліктові широколистяно-смерекові ліси і ділянки гірських степів. Широко представлені луки, здебільшого, сформувалися на місці зведених широколистяних лісів.
Територія Національного парку - це виняткові для розвитку бортництва угіддя, з збереженими бортями кінця XIX і початку XX століття, з старовозрастние деревами сосни, придатними для виготовлення нових бортей і колод. На сьогоднішній день пасіка національного парку В«БашкиріяВ» становить близько десятка одиниць бджолосімей. Восени 2006 року було підготовлено та залишено на зимівлю 9 заселених бортей. У майбутньому планується збільшення пасіки до 50 бджолиних сімей.
На території національного парку В«БашкиріяВ» розташовані 3 пам'ятки природи. Вони дивні в походженні, унікальні як об'єкти природи, цікаві для вчених і просто красиві.
Карстовий міст Куперля - гідрогеологічний пам'ятник природи, заснований в 1965 р. (В«КуперляВ» дослівно з башкирської мови - В«з мостомВ»). Знаходиться на території парку, в 4 км. від колишнього хутора Савка. Природний міст перекинувся через каньонообразнимі долину річки Куперля, правої притоки річки Нугуш. Міст двопрогонової, з однією колоною посередині. Висота моста над днищем долини Куперлі близько 20 м, ширина - 4 м, довжина обох прольотів - 35 м, довжина висячої частини - 10 м. Куперлінскій міст являє собою залишок покрівлі стародавньої печери, і утворився він у ході розвитку карстових процесів. Річка Куперля, зникаючи в підземному каналі в 3-4 км від хутора Савка, стала текти під землею і розробляти печеру в результаті розчинення і ерозії. У своєму розвитку печера досягла такого моменту, коли її покрівля стала обрушуватися під дією власної ваги і вивітрювання. Сучасний міст створює досить величну екзотику в цій малонаселеній місцевості.
Урочище Кутуков-Сумгаїт - гідрогеологічний пам'ятник природи, заснований в 1965 р. (В«КутуковВ» з башкирської мови - В«колодязьВ», В«СумгаїтВ» - В«пірнувВ»). Урочище Кутуков-Сумгаїт розташований між річками Білої і Нугуш, в 20-25 км на схід від п. Нугуш. Він являє собою міжгірську западину, обмежену із заходу хребтом Ямантау, а зі сходу хребтом Кібіз. З півночі і півдня улоговина обмежена каньонообразнимі долинами річок Нугуш і Білої.
У рельєфі карст представлений воронками, улоговинами, колодязями, руїнами, останцамі, арками, мостами, тунелями, печерами, прірвами, провалами. Долини річок опинилися з висячими гирлами, а в профілі вони представляють ступеневу будову. В урочищі виявлено і вивчено 40 печер. Частина печер має заледеніння. Печери виключно багаті натічними форма...
