Занепокоєння викликає що почалося поступове заболочування мілководних частин Фінської затоки між Санкт-Петербургом і дамбою, оскільки ослаблені дамбою осінні шторми не здатні вже достатньою мірою очищати дно Невської губи від поселяющихся там вищих рослин. Заболочування і пов'язане з цим гниття залишків рослин з часом може призвести до додаткової евтрофікації водойми і виключенню з акваторії обширних ділянок Невської губи.
3. Грунт
За статистикою з офіційних джерел за останні роки майже 50% проб грунтів в місті не відповідали гігієнічним нормативам за санітарно-хімічними показниками, тому владою міста проводиться спеціальна програма по заміні грунтів в дитячих садах і школах. Зоною надзвичайно небезпечного забруднення є ділянка вздовж Невського проспекту довжиною 3500 метрів і шириною до 600 метрів. Середній вміст важких металів у грунтово-грунтах перевищує в 1,5-3,0 рази середньоміського. При цьому рівень забрудненості проїжджої частини автомагістралей хромом, міддю, цинком, барієм і селеном також в 1,5-3,0 рази перевищує ступінь їх концентрації в грунті. Відзначається і високий ступінь забрудненості територій парків в історичному центрі міста. Всього в районі зафіксовано 7 ділянок хімічного забруднення загальною площею більше 2,5 квадратного кілометра, що становить 15 відсотків його території. В цілому ж за ступенем забрудненості грунтів район займає 2 місце в місті.
4. Шумове забруднення
За даними Росспоживнагляду нашого регіону один мільйон жителів Санкт-Петербурга проживе в умовах з підвищеним вмістом шуму. З них 700 тисяч чоловік страждають від шуму автотранспорту і близько 300 тисяч осіб - від шуму залізничного транспорту. Основна причина шуму - близьке розташування житлової забудови до транспортних та залізничних магістралях, зростання інтенсивності і швидкості руху на дорогах.
Більшу екологічну проблему для городян представляє шум і електромагнітне випромінювання від вбудованих трансформаторних підстанцій в об'єкти житлового фонду. На сьогоднішній день близько 400 трансформаторних підстанцій вбудовані в житлові будинки міста. Є рішення Арбітражного суду Санкт-Петербурга і Ленінградської області відповідно з яким до 2025 року всі трансформаторні підстанції повинні бути винесені за межі житлових будинків. Правда, поки кількість вбудованих трансформаторних підстанцій за рахунок будівництва нового житла в центрі міста тільки збільшується.
Санкт-Петербург займає п'яте місце серед галасливих мегаполісів світу, середній показник шуму в місті вище норми і складає 60 децибел. Цей відносно невисокий (порівняно з Москвою) показник фахівці пов'язують з тим, що в межах Петербурга є досить тихі райони: Курортний, Пушкінський, Виборзький, Кронштадтський і Колпінський. Найгаласливішими районами міста вважаються: Адміралтейський, Центральний, Петроградський, Фрунзенський, Кіровський і Красносельський.
Зони, де рівень звуку перевищує норму на 10-15 децибелів, розташовані поруч з головними міськими проспектами - Московським, Сутички, Ліговському, Невським, кільцевою автодорогою, залізницею, мікрорайони поруч з промзонами і частина південно-заходу, яка примикає до аеропорту. Мікрорайони «Улянка», «Лигово» і «Сосновий Поляна» страждають від шуму літаків, злітають і сідають в аеропорту Пулково.
