лі, британський адмірал Гораціо Нельсон завдає поразки французькому флоту, відрізаючи війська Наполеона від батьківщини.
серпня Наполеон створює Єгипетський інститут, набираючи його членів зі складу Комісії з наук і мистецтв, в яку входили 167 вчених, математиків, природознавців, інженерів, арабістів і художників, які супроводжували Бонапарта в його єгипетському поході. Метою створення інституту було поширення наукових знань у Єгипті, вивчення природних, історичних, економічних реалій країни, публікація результатів досліджень та надання консультацій з різних питань французької адміністрації в Єгипті.
На початку вересня Османська імперія оголошує війну Франції. Декрет султана, що закликає мусульман чинити опір французам і обіцяє швидке прибуття турецьких військ, зачитується в усіх мечетях Каїра. 21 жовтня в Каїрі лунає заклик до джихаду (священної війни) проти французів, призначеного ними військового губернатора вбивають. Бунтівники збираються навколо мечеті аль-Азхар, французи відкривають по них артилерійський вогонь з цитаделі. Повстання вдається придушити. Навесні 1799 Наполеон веде 13000 солдатів в Палестину, щоб не дозволити англійцям зайняти портові міста, але британський флот і місцеві жителі, зупиняють його у Акри. У Дельті придушені два повстання проти французів. У червні Наполеон йде з Палестини в Єгипет, де стає ясно, що його становище безнадійне через панування англійців на море. Армія Наполеона несе важкі втрати в боях і від хвороб.
липня 1799 Наполеон завдає поразки османським військам, яких британці висадили зі своїх кораблів у Абукире. Передавши командування генералові Клеберу, Наполеон 23 серпня таємно відпливає з Олександрії.
Прибувши до Парижа в листопаді, він позбавляє влади Директорію і оголошує себе Першим консулом - диктатором Франції.
червня 1800 в Каїрі сирієць-мусульманин вбиває генерала Клебера. На початку березня британські війська висаджуються у Абукира і зустрічають вельми слабкий опір з боку французів, якими тепер командує генерал Мену. 25 березня до англійців приєднуються сили турків. У числі останніх знаходиться Мухаммед Алі. Англійці і турки швидко беруть Розетту і рухаються через Дельту. Тим часом ще одна Османська армія входить в Єгипет з боку Сирії. Французи, оточені ворогами в охопленому епідемією чуми Каїрі, капітулюють 27 червня і погоджуються залишити Єгипет. Генералу Мену вдається протриматися в Олександрії трохи довше.
Останні французькі солдати сідають на кораблі у вересні. Флот турків стоїть в Олександрії, а армія - в Каїрі, однак вони виявляються нездатними встановити повний контроль над Єгиптом через погане озброєння і організації військ, а так само все ще сильного впливу мамлюків. У 1803 році випровадивши французів, англійці 11 березня завершують виведення своїх військ.
Слабка турецька армія була нездатна навести порядок в Єгипті. Тут панував справжній хаос після виведення французьких і британських військ. Між уцілілими мамлюками, яничарами та албанцями, на чолі яких після вбивства їх командирів в 1803 році постало Мухаммед Алі, почалася боротьба за владу. За підтримки албанців Мухаммед Алі скористався шансом захопити владу. У 1805 році, він заручається підтримкою каїрських улемів - мусульманських вчених-законоведов, які хотіли відновити порядок в Єгипті. У віці приблизно тридцяти п'яти років він став повноправним господарем Каїра, змусивши турецького султана визнати його османським намісником Єгипту. Мухаммед Алі походив з Каваллі в Македонії, яка в той час була частиною Османської імперії, а зараз - Греції, разом з групою товаришів, які приєдналися до загону албанців. Мухаммеда Алі призначили заступником командира загону. Чи був Мухаммед Алі сам албанцем за національністю, невідомо; він був світловолосим, ??сірооким і добре говорив по-грецьки, по-албанська і по-турецьки. Мухаммед Алі завжди зберігав у таємниці своє походження. Те, що Мухаммед Алі народився в Македонії, внесло свій внесок у створення легенди про нього; пізніше про нього говорили як про другу Птолемее Сотері, спадкоємця нового Олександра Македонського - Наполеона. Більш точної версією є те, що Мухаммед Алі був ровесником Наполеона. Батько його, дрібний поміщик, помер рано, і Мухаммед Алі виховувався у чужих людей. Змужнівши, він зайнявся тютюнової торгівлею, служив жандармом і збирачем податків.
У 1769 році місто Каваллі мав виставити загін у 300 добровольців для війни в Єгипті. Помічником його начальника був призначений Мухаммед Алі. Виявивши хоробрість і військові дарування, що було помічено англійцями, він отримав підвищення і незабаром очолив все албанські частини турецької армії. На війні Мухаммед Алі і придивився до бойовим прийомам Наполеона, і оцінив зроблені останнім у Єгипті перетворення, і став гарячим шанувальником майбутнього імператора. ...