ісланій для переговорів у Бухару, привели до остаточного розриву. 20 травня 1866 генерал Романовський з двохтисячного загоном завдав бухарцям перший нищівної поразки. Проте дрібні бухарські загони продовжували постійні набіги і нападу на російські війська. У 1868 році генералом Кауфманом був узятий прославлене місто Середньої Азії Самарканд. За мирним договором 23 червня 1868 Бухарського ханства повинно було поступитися Росії прикордонні території і стати васалом російського уряду, який, у свою чергу, надавала йому підтримку під час смути і заворушень.
З 1855 киргизькі і казахські племена підлеглі ханству, стали переходити в російське підданство, не в силах терпіти свавілля і беззаконня кокандських намісників. Це призвело до збройних конфліктів ханства з російськими військами, наприклад в 1850 р зроблена була експедиція за річку Або, з метою зруйнувати зміцнення Тоучубек, слугувало опорним пунктом для К. зграй, але оволодіти їм вдалося лише в 1851 р, а в 1854 г. на річці Алмати побудовано зміцнення Вірне (див.) і весь Заилийский край увійшов до складу Росії. З метою ж огородження казахів, росіян підданих, оренбурзький військовий губернатор Обручов побудував в 1847 р зміцнення Раїмське (згодом Аральське), поблизу гирла Сирдар'ї, і припустив зайняти Ак-Мечеть. У 1852 р, з ініціативи нового оренбурзького губернатора Перовського, полковник Бларамберг, із загоном в 500 чоловік, зруйновано дві К. фортецю Кумиш-Курган і Чим-курган і штурмував Ак-Мечеть, але був відбитий. У 1853 р Перовський особисто із загоном в 2 767 чоловік, при 12 гарматах рушив на Ак-Мечеть, де було 300 кокандців при 3 гарматах, і 27 липня взяв її штурмом; Ак-Мечеть незабаром перейменована була у Форт-Перовський. У тому ж 1853 кокандців двічі питалісь відбити Ак-Мечеть, але 24 серпня військовий старшина Бородін, з 275 людьми при 3 гарматах, розсіяв при Кум-Суат 7000 кокандців, а 14 грудня майор Шкуп, з 550 людьми при 4 знаряддях, розбив на лівому березі Сира 13000 кокандців, що мали 17 мідних знарядь. Після цього вздовж нижнього Сиру зведений був ряд укріплень (Казалінськ, Карамакчі, з 1861 р Джюлек). У 1860 р западносибирскую начальство спорядило, під начальством полковника Циммермана, невеликий загін, який зруйнував К. зміцнення Пишпек і Токмак. Кокандців оголосили священну війну (газават) і в жовтня 1860 зосередилися, в числі 20 000 людина, у зміцнення Узун-Агач (56 верст від Вірного), де були розбиті полковником колпаковскі (3 роти, 4 сотні і 4 гармати), що взяли потім і відновлений кокандців Пишпек, де цього разу залишений був російський гарнізон; в цей же час зайняті були росіянами і невеликі фортецю Токмак і Костек. Пристроєм ланцюга укріплень з боку Оренбурга вздовж нижньої течії Сирдар'ї, а з боку західної Сибіру уздовж Алатау, російський кордон поступово замикалася, але в той час величезний простір близько 650 верст залишалося ще незайнятим і служило як би воротами для вторгнення кокандців в казахські степи. У 1864 р вирішено було, щоб два загони, один з Оренбурга, інший із західної Сибіру, ??йшли назустріч один одному, оренбурзький - вгору по Сирдар'ї на місто Туркестан, а западносибирский - уздовж Киргизького хребта. Западносибирский загін, 2500 чоловік, під начальством полковника Черняєва, вийшов з Вірного, 5 червня 1864 взяв штурмом фортецю Аулие-ата, а оренбурзький, 1200 чоловік, під начальством полковника Веревкина, рушив з Форту-Перовського на місто Туркестан, який був узятий за допомогою траншейних робіт 12 червня. Залишивши в Аулие-ата гарнізон, Черняєв на чолі 1 298 людина рушив до Чимкент і, притягнувши оренбурзький загін, взяв його штурмом 20 липня. Услід потім зроблений був штурм Ташкента (114 верст від Чимкента), але він був відбитий. У 1865 р з знову зайнятого краю, з приєднанням території колишньої Сирдар'їнською лінії, утворена була Туркестанская область, військовим губернатором якої призначений був Черняєв. Чутки, що бухарський емір збирається опанувати Ташкентом, спонукали Черняєва зайняв 29 квітня невеликий К. зміцнення Ніаз-бек, пануюче над водами Ташкента, а потім він із загоном в 1951 чоловік, при 12 гарматах, розташувався табором в 8 верстах від Ташкента, де, під начальством Алім-куля, зосереджено було до 30000 кокандців, при 50 гарматах. 9 травня Алім-куль зробив вилазку, під час якої був смертельно поранений. Смерть його дала обороні Ташкента невигідний оборот: боротьба партій в місті посилилася, а енергія в захисті кріпосних стін ослабла. Черняєв зважився скористатися цим і після триденного штурму (15-17 травня) взяв Ташкент, втративши 25 чоловік убитими і 117 пораненими; втрати ж кокандців були дуже значні. У 1866 р зайнятий був і Ходжент. В цей же час Якуб Біг, колишній правитель Ташкента, біжить в Кашгар, що став на час незалежним від Китаю.
Відрізаний від Бухари, Худояр-хан прийняв (1868 р) запропонований йому генерал-ад'ютантом фон-Кауфманом торговельний договір, в силу якого росіяни в К. ханстві і кокандців в російських...
