Водні ресурси. На території республіки протікають понад 700 тис. річок довжиною понад 10 км. 314 з них мають довжину понад 100 км, а річки Колима, Індігірка і головні притоки р. Олени - Олекма, Алдан, Вілюй за своїми основними характеристиками перевершують майже всі річки Європейської частини Росії.
Основна водна артерія республіки - ріка Олена входить по довжині і по водності у десятку найбільших річок світу.
На території Якутії понад 800 тис. озер з площею більше 1 га кожне. Загальна площа дзеркала цих озер, за оцінними даними, перевищує 83 тис. М2. Основна маса їх зосереджена в Яно-Колимської низовини. Озерность тут місцями доходить до 40% території. Найбільш великі озера: Моготоево - площа 323 км2, Буустаах - 249 км2, Велике Морське - 205 км2, Нідж - 119 км2. Оціночні запаси води, що міститься в озерах, 250-300 км3.
Болота займають до 5% території, т. е. 135 тис. км2.
До водних ресурсів слід віднести і багаторічну мерзлоту. У товщі багаторічної мерзлоти зустрічаються підземні льоди. У середній течії р. Моми розташована найбільша полій - Улахан-Тарин (пл. Бл. 100 км2). При 5-відсотковому середньому вмісті води в 10-метровому верхньому горизонті запаси води в грунтах Якутії повинні скласти не менше 30 км3.
На високогірних вузлах Черського і Верхоянського вище межі вічних снігів спостерігаються незначні локальні заледеніння. Площа льодовиків близько 410 км2. Запас води в них близько 2 км3.
Таким чином, Якутія навіть у самі маловодні роки розпорядженні водним фондом тільки з поверхневих вод в обсязі не менше 750 км3.
Проте деякі райони Вододефіцітний - в основному через особливості функціонування гідросфери в умовах суворого клімату і повсюдного поширення багаторічної мерзлоти антропогенного і техногенного забруднення річок і озер, а також через особливості територіального розподілу водойм. Наприклад, практично всі малі та середні річки взимку промерзають до дна, стік в них у період промерзання нульовий.
Якість води основних річок за середньорічними показниками в останні роки не погіршувався, залишалася здебільшого на одному рівні - помірне забруднення. Вміст нафтопродуктів, фенолів, міді, цинку у воді річок в більшості випадків перевищував допустимі концентрації. Значна частина цих речовин має антропогенне походження.
Основними джерелами забруднення води Олени і її басейну є судна річкового флоту, порти, нафтобаза, судноверфі. У формуванні хімічного складу вод більшості водних об'єктів басейну значну роль відіграє підземне живлення. Характерними забруднюючими речовинами води річок басейну є нафтопродукти, феноли, сполуки міді, рівень вмісту яких становить 3-4 ГДК. Вода річок басейну Колими в основному забруднена зваженими речовинами, нафтопродуктами, фенолами, амонійним азотом., Сполуками міді та марганцю.
Найбільшими джерелами надходження забруднюючих речовин у річки басейну Колими є підприємства золотодобувної промисловості та житлово-комунального господарства, а також поверхневий стік з територій населених пунктів і сільськогосподарських угідь в період підвищеної водності річок.
Лісові ресурси. Загальна площа земель лісового фонду, всього - 255610,8 тис.га; лісистість - 46,7%; загальний запас деревини на корені - 8934,1 млн.м3.
Частка гарей від загальної площі лісів - 8,9%, частка вирубок - 0,5%.
Ліси на території республіки за площею, запасу і переважаючим породам розміщені вкрай нерівномірно. Тому відсоток лісистості досить значно коливається: від 93% - у південних улусах, до 25% - у північних.
Понад 98% лісів складають цінні хвойні ліси. Головною лісовими породами є даурська модрина.
Сосна займає 7% і поширена головним чином в південних улусах.
Кедр росте на півдні трьох улусів (Ленском, Олекмінськ і Алданском). Крім цих основних деревних порід, виростають ялина, береза, тополя.
З чагарникових і напівчагарникових порід значні площі займають кедровий стланик і шелюги. У незначних кількостях зустрічаються у вигляді домішки ялиця, вільха, черемха, горобина, глід, жимолость та інші деревні і чагарникові породи. З усіх названих порід відповідними постановами Уряду республіки заборонені до рубки: кедр - повсюдно, кедровий стланик, за винятком випадків, де він є єдиним видом палива, і ялина в долинах річок Олени, Амги, Алдану і Вілюя.
Велика частина лісів (близько 85%) відноситься до лісів третьої групи з необмеженими можливостями рубки. З лісів третьої групи в категорію експлуатованих, відносяться тільки 19%, всі інші ліси цієї групи є резервними або недоступними.
