Савісаар, партія перейшла в опозицію. Розчаровані поведінкою свого лідера члени партії утворили нову партію. Центристська Партія залишалася в політичній ізоляції до 2001 року. p> У 1996 кандидат від ЦПЕ Сійрі Овійр виставляла свою кандидатуру на виборах президента Естонії.
На загальних виборах у березні 1999 року Центристська партія, головним гаслом якої був прогресивний прибутковий податок, отримала 23.4% голосів (перший результат і 28 місць в Рійгікогу). Партія має 26 відділень, 8 в Таллінні та 16 в інших містах і повітах.
У 2001 році Крейцберг обирався на пост президента Естонії. p> У січні 2002 року Центристська Партія і Партія Реформ утворили нову урядову коаліцію. Свен Міксер став міністром оборони. Коаліція існувала до виборів 2003 року. Хоча ЦПЕ набрала найбільшу кількість голосів, вона залишалася в опозиції до березня 2003, коли звалилося уряд Юхана Партса.
У 2003 році більшість на партійному з'їзді взяло рішення не підтримувати приєднання до ЄС. Савісаар не виразив свою позицію. p> Частина членів партії залишила партію в 2004-му, в основному через схильність Савісаара до автократичного стилю і антиєвропейською позиції партії, і сформувала Соціально-Ліберальну групу. Деякі приєдналися до Соціал-Демократичної Партії, інші до Партії Реформ. Один з депутатів парламенту знову приєднався до ЦП. Центристська Партія Естонії увійшла до складу Європейської Ліберально-Демократичної і Реформістської Партії в травні 2004 року. p> Савісаар був мером Талліна, столиці Естонії, з грудня 2001 по жовтень 2004, коли він був змушений піти у відставку після вотуму недовіри. Його змінив Тиніс Пальтс з Res Publica. p> З 2004 року ЦПЕ представлена ​​⠪вропейському Парламенті - Сійрі Овійр. На виборах до Європейського Парламенту партія набрала 17.5% голосів. p> 12 квітня 2005 Центристська партія знову увійшла в уряд разом з Партією Реформ і Народним Союзом. У парламенті у неї було 19 місць, а в уряді - 5 портфелів. Уряд проіснувало до 5 квітня 2007. p> Місцеві вибори 16 жовтня 2005 були дуже успішні для партії, було отримано 32 місця з 63 у Таллінському міських зборах, що означає абсолютну більшість. Можливо, що одним з факторів успіху стала велетенська популярність центристів серед неестонців. Зухвалий суперечки договір про співробітництво між Центристською Партією Естонії та російської В«партією владиВ» Єдина Росія, укладений у грудні 2004 року, теж, імовірно, вплинув на успіх партії в середовищі російського електорату Естонії.
Після невдалих спроб сформувати стабільний більшість з соціал-демократами чи Партією Реформ, Центристська Партія утворила однопартійний міський уряд у Таллінні, на чолі з Юрі Ратас, 27-ми річним політиком, обраним на пост мера в листопаді. ЦП складається також у правлячій коаліції в інших великих містах Естонії, таких як Пярну і Тарту. p> На минулих в 2007 році виборах в Рійгікогу, партія зуміла отримати 29 місць у парламенті (другий результат). Переможець виборів, Партія Реф...