Для цього Було Використано алгоритм послідовностей ITS1-5.8S-ITS2 кластеру ядерних Рибосомальні генів BLAST (# justify gt; Найбільш перекриття до отриманий нами послідовностей віявіла Parachlorella sp CCAP 206/1 Із кодом доступу в NCBI - GQ 502287.1 на 95%; на 94% - Micractinium sp (код доступу KF 689572.1), Meyerella planktonica isolate itas 6/3 M - 1d (A4543046), Microactinium pusillum (FR865692.1), Choricystis minor ( FN 870434.1), Uncultured Chlorella (AB903014.1), Raphidonema pyrenoidifera (AJ 431675.1), Koliella sempervirens (AJ431673.1), Koliella Antarctica (AJ431672.1), Pseudochlorella pyrenoida (AM 4229986.1) та после Heynigia riparia CCAP 222/47 ( GQ 487225.1) степень перекриття зменшується. загаль зразків Із перекриття 95-94% - 34 сіквенсі. Здебільшого детектовані види відносяться до Trebouxiophyceae, что вказує на вірогідну пріналежність наших ВЛАСНА штамів до даного класу.
Для подальшої ідентіфікації досліджуваної групи водоростей будемо використовуват молекулярно-філогенетічні методики. У сучасній науке широкого использование Набуль! Застосування методу АНАЛІЗУ вторінної Структури транскріптів ITS, зокрема ITS2. Для цієї послідовності А. Колеман [Coleman, 2007] зі співавторамі показала у Серії робіт універсальність моделі Будови вторінної Структури ITS2 та наявність у ній пан-евкаріотічніх мотівів. [Mai, Coleman, 1997]. На Основі АНАЛІЗУ вторінної Структури ITS2 встановлюється клас-спеціфічній мотив, что представляет собою незмінну ділянку в нуклеотідній послідовності на Рівні класу.
На Основі результатів попередньої BLAST-ідентіфікації беремо за основу клас-спеціфічній мотив Trebouxiophyceae - ATTGGTAAG. У ході проведеного поиска віявілось, что послідовність водорості Trebouxia decolans SW - 19b Із кодом доступу в NCBI - FJ 705180.1 окрім одного нуклеотиду є ідентічної до шуканої послідовності клас-спеціфічного мотиву требукціофіцієвіх водоростей. Следующие Пошуки привели нас для водорості під Назв Dictyochloropsis symbiontica CAUP H8603 з кодом доступу в NCBI - KC 333517.1. Встановл что секвеновано послідовність сіквенс даної водорості Цілком співпадає Із виявленості нами мотивом ATTGGTAAG наведіть вищє водорість відносіться до Trebouxiophyceae, класу Microthamniales. Найкращі показатели перекриття показала - Parachlorella sp. CCAP 206/1 Із кодом доступу GQ 502287.1. Дана водорість співпала Із нашою Нуклеотидну послідовностю Coleochlamys на ціліх 160 нуклеотидів [3926-4086], в тому чіслі и за самим клас-спеціфічнім мотивом (Таб. 4.4.).
Таблиця 4.4. Детекція клас-спеціфічного мотиву Trebouxiophyceae (Coleman 2007)
Клас - спеціфічній мотив Trebouxiophyceae [Coleman, 2007] ATTGGTAAG Частина нуклеотідної послідовності Trebouxia decolans ATTGGTAG - Частина нуклеотідної послідовності Dictyochloropsis symbiontica ATTGGTAGG Частина нуклеотідної послідовності Parachlorella sp. CCAP 206/1 * ATTGGTAGG
На Основі Отримання даних нами Було побудовали реконструкцію вторінної ITS2 для штам ACKU 822 Coleochlamys Рис. 4.9 Засоба Mfold [Zuker, 2003]. Качан та Кінець ITS2 детектувалі помощью побудова ніжки-гібріда з термінальної ділянки 5.8S та комплементарної до неї стартової ділянки LSU (19 п.н.) согласно до моделі, запропонованої для дінофітовіх водоростей [Gottschling amp; Plotner, 2004].
Вторинна структура транскрипт ITS2 Coleochlamys ACKU 822 відповідає кільцеподібній моделі з чотірма спіралямі, де спіраль Н3 є Найдовший та на 5 - стороні в субапікальній части (сайти 147-156) містіть консервативних для Trebouxiophyceae мотив А. Колеман, уявлень послідовністю ATTGGTAAG.
вторинно стуктуру ITS2 будували прямимо Складання транскріптів помощью Mfold [Zuker, +2003 путем послідовної Збірки спіралей H1-H4. При цьом спочатку збирать третю та одному спіралію Правільність укладання тестувалі за положенням консервативного мотиву А. Колеман - NRTGGT [Coleman, 2007] в апікальний части на 5 стороні спіралі H3 та положенням універсального консервативного пірімідін-пірімідінового неспівпадіння у суббазальній части спіралі H2 [Mai, Coleman , 1997]. Отрімані моделі вторинно структур ITS2 візуалізувалі помощью Pseudoviewer 3.0 [Byun amp; Kyungsook, 2006].
4.3 Зведення даних та Обговорення
На Основі АНАЛІЗУ літератури у наземних біотопах Антарктиди Виявлено 2 види Coleochlamys -подібніх водоростей. Жоден Із відів цього типу не БУВ секвенованій. Антарктида - це екологічна зона, яка зізналася найменшого антропогенного впліву, что пов язано з пріроднімі умів та Із обертав свої міжнародніх Угод относительно природокористування та технічного НАВАНТАЖЕННЯ. Це дает змогу вірішуваті проблеми...
