Громадська діяльність В.Ф. Войно-Ясенецького в 1921-1923 рр.. виразилася в боротьбі з жівоцерковніков, які створили розкол в Церкві і спеціально влаштовували диспути з метою атеїстичної пропаганди. Не маючи богословської освіти, але за рахунок глибокого знання церковної історії, Св. Письма і догматики Валентин Феліксович незмінно виходив переможцем в суперечках. Особливо жаркими були його суперечки з колишнім православним священиком-місіонером, протоієреєм Ломакіним, в яких Валентин Феліксович, абсолютно завжди опинявся переможцем.
Самое знаменна подія для Валентина Феліксовича Войно-Ясенецького відбулася 31 травня 1923 р. - він приймає чернечий постриг з ім'ям апостола Луки, будучи рукопокладений в єпископа Ташкенсткого і Туркестанського засланим єпископом Уфімським Андрієм. Негайно, в 11 Ввечері 10 червня 1923 р., влада ініціювала перший арешт єпископа Луки. Побоюючись нового єпископа, колишнього до того ж і видним хірургом, професором і вченим, головою місцевої лікарні, влада відразу ж почали цькування єпископа. У камері єпископ пише заповіт своєї пастви - не ходити до храмів, де служать «живоцерковники», усуватися від спілкування з ними. Тут же закінчує книгу «Нариси гнійної хірургії». Йому інкримінували «зв'язки з оренбурзькими козаками» і «шпигунство на користь англійців через турецький кордон» і як небезпечний злочинець він був переведений до Москви.
Як небезпечний для Радянської Росії злочинець, з грудня 1923 р. за січень 1926 єпископ Лука відправлений на заслання в Красноярський край. Тут він проживає в селі Хая на р. Чуня (притока Ангари), у м. Енисейске, в с. Плахино та п. Туруханск. По закінченню першого посилання, єпископ Лука приїхав до Красноярська, по шляху здійснюючи богослужіння у всіх храмах, зцілюючи хворих, надаючи матеріальну посильну допомогу.
Із завершенням посилання, в 1927 - 1930 рр.. він возвращется у м. Ташкент, де була могила дружини, але позбавляється права працювати як на медичної, так і на університетській кафедрі. Йому заборонено служіння єпископом. Тому, змушений приймати хворих вдома, надаючи і посильну матеріальну допомогу. Дізнавшись про рішення влади підірвати Сергієвський храм, владика оголосив, що в такому випадку спалить себе разом з іконами і церквою, але не допустить такого блюзнірства.
У тому ж 1923 р. за безпідставними обвинуваченнями єпископ Лука був заарештований. Крім усього іншого, слідчі домагалися від нього зречення від священного сану, але не домігшись визнання, відправили на заслання. Друге посилання тривала з 1930 по 1933 рр..; почалася у м. Котласе, а закінчилася в м. Архангельську
Після недовгого проживання і роботи в 1933 р. в Андижані, восени 1934 слід повернення в Ташкент. У тому ж році, в Москві, у видавництві «Медгиз» вийшло перше видання книги «Нариси гнійної хірургії». Далі в 1935-1936 рр.. він працює в Ташкентському Інституті невідкладної допомоги, читає лекції в Інституті вдосконалення лікарів. Але лікарська та наукова діяльність тривала досить короткий період. У 1937 р. пролунало обвинувачення в шпигунстві на користь іноземної розвідки з наступним арештом.
В 1937 - 1939 рр.. єписк Лука утримується у в'язниці, до нього застосовуються тортури і знущання. І от, не домігшись визнання, в 1940 р. єпископа Луку знову відправили на заслання до Сибіру і знову в Красноярський край....
