ріод почалися ускладнення у відносинах Росії та окремих центральноазіатських країн. 30 листопада 1998 на прес-конференції, присвяченій візиту Президента Киргизстану А. Акаєва, І. Карімов виступив з різкими заявами на адресу російських спецслужб і Таджикистану [46]. Все це поставило Росію у складне становище: очевидно, узгоджені дії Ташкента і Бішкека були об'єктивно спрямовані на ослаблення присутності Москви в Центральній Азії. Зберегти свою присутність в Центральній Азії в умовах політики цих двох держав, для Росії було достатньо трудно.етап. Період з 1999 по першу половину 2001 року в цілому можна охарактеризувати як фазу досить активної політики Росії в Центральноазіатському регіоні. При цьому характерним моментом стало розуміння серед російського керівництва, що підхід до Центральної Азії як до цілісного регіону недостатньо себе виправдовував.
Держави регіону вже багато в чому відрізнялися один від одного і за темпами соціально-економічного розвитку і за характером протікання внутрішньополітичних процесів. Крім того, збільшений рівень конфліктогенності в регіоні з усією ясністю позначив для Росії необхідність більш зваженого підходу у розвитку двосторонніх відносин, з диференціацією в підході до партнерів в залежності від їх зустрічної готовність до співпраці і чітким усвідомленням взаємних інтересів у відносинах один з одним.
У цілому на озброєння була взята тактика посилення векторів двосторонньої взаємодії, доповнювана активізацією діяльності в регіональних міждержавних об'єднаннях. Зміна російської політичної динаміки в регіоні в цьому напрямку особливо отримало розвиток з приходом В. Путіна спочатку на пост прем'єр-міністра, а потім і Президента РФ.
Узбецький вектор, безумовно, виступив одним з найбільш пріоритетних напрямків російської зовнішньої політики в регіоні. Інтереси Росії в даному випадку полягали у встановленні більш стабільною і прогнозованою системи взаємодії з Ташкентом щоб уникнути, що стали вже традиційними до цього часу, періодів зближення і охолодження двосторонніх відносин. Ця зацікавленість обумовлена ??тим, що Узбекистан є одним з ключових держав регіону в плані забезпечення регіональної безпеки та в цілому являє собою впливову силу в Центральноазіатському регіоні. Крім того, Узбекистан володіє значними економічними ресурсами і можливостями (бавовна, метали, геополітичне розташування, досить сильна армія і т.д.), яких потребує і економіка і політика Росії. Таким чином, проводячи політику «виховання союзника», Росія могла розраховувати на просування своїх інтересів не тільки в рамках регіону, а й використовувати результати співробітництва як фактор зовнішнього впливу на держави, розташовані по периметру регіону, в першу чергу Афганістан і почасти КНР.
Разом з тим у відносинах Росії та Узбекистану до початку цього періоду все ще зберігалася певна напруженість. Чергова тенденція до їх потеплінню намітилася у зв'язку з так званими Баткенську подіями літа 1999-го року. Групи бойовиків Ісламського руху Узбекистану під керівництвом Джуми Намангані [47] атакували з території Таджикистану гірські райони Киргизстану. Бойовики прагнули прорватися в узбецьку частину Ферганської долини і підняти там повстання проти режиму І. Карімова. У цих умовах Ташкент був украй зацікавлений у відновленні військово-технічного співробітництва з Росією. Москва у свою чергу вибрала досить ефективну тактику зближення з Узбекистаном на основі спільної боротьби і запобігання спільної загрози - поширення ісламського екстремізму як в Узбекистані, насамперед у областях Ферганської долини, так і на території Росії - на Північному Кавказі.
Новий етап російсько-узбецьких відносин почався в грудні 1999 р з візиту прем'єр-міністра Росії В. Путіна в Узбекистан. У ході зустрічі було підписано: «Договір про подальше поглиблення всебічного співробітництва у військовій та військово-технічній галузях».
Після обрання В. Путіна Президентом РФ російсько-узбецькі відносини розвивалися особливо активно. У травні 2000 р Володимир Путін завдав свій перший офіційний візит в Ташкент. На прес-конференції в Ташкенті Путін заявив, що будь-яка загроза Узбекистану - це загроза Росії. Іслам Карімов відповів, що його країна звертається до Росії за допомогою, оскільки Узбекистан не може самостійно протистояти ворожим силам. Однак ця стабілізація відносин виявилася тимчасовою.
У серпні 2000 р бойовики ІРУ атакували територію Узбекистану в Сурхандарьинской області, а восени таліби, розгромивши в боях збройні загони «Північного Альянсу», практично вийшли на кордони Таджикистану і Узбекистану. У цей період Ташкент відкинув ідею Росії про створення колективних регіональних збройних сил і пішов на прямий діалог з талібами. Практично одночасно з цим президент Узбекистану виступив з заявою, в якій закликав Росію не лякати Узбекистан та інші країн...
