ають начальником штабу 46-ї стрілецької дивізії в місті Коростень. У 1933 році він закінчив оперативний факультет цієї ж академії і знову поїхав на колишню посаду. У жовтня 1934 А.І. Антонов став начальником штабу Могилів-Ямпільського укріпрайону, а в серпні 1935 року - начальником оперативного відділу штабу Харківського військового округу.
У жовтня 1936 року відкривається Академія Генерального штабу РККА. У числі перших слухачів цього навчального закладу були А.М. Василевський, Л.А. Говоров, І.Х. Баграмян, Н.Ф. Ватутін і А.І. Антонов.
Після закінчення академії в 1937 році Олексій Иннокентьевич був призначений начальником штабу Московського військового округу.
наприкінці 1938 року А.І. Антонова призначають старшим викладачем, а через деякий час - заступником начальника кафедри загальної тактики Військової академії імені М.В. Фрунзе. У лютому 1940 року йому присвоєно вчене звання доцента, а в червні цього ж року - військове звання генерал-майора. У березні 1941 року А.І. Антонов призначений на посаду заступника начальника штабу Київського Особливого військового округу.
Почалася Велика Вітчизняна війна. У серпні 1941 року генерал-майор А.І. Антонов призначений начальником штабу Південного фронту. До цього часу війська фронту вели напружені оборонні бої. У ході цих боїв штабом Південного фронту була підготовлена ??і в листопаді проведена Ростовська наступальна операція, в результаті якої була розгромлена 1-а німецька танкова армія. Був звільнений Ростов-на-Дону, а противник відкинутий від цього міста на 60 - 80 кілометрів. За успішні дії в Ростовській операції А.І. Антонов був нагороджений орденом Червоного Прапора, йому було присвоєно військове звання генерал-лейтенанта. З липня 1942 Олексій Иннокентьевич послідовно очолював штаби Північно-Кавказького фронту, Чорноморської групи військ і Закавказького фронту. Війська цих фронтів, проявивши виняткову стійкість, зупинили ворога, не давши йому опанувати Чорноморським узбережжям і прорватися в Закавказзі. За гнучке і вміле керівництво військами генерал-лейтенант А.І.Антонов був нагороджений другим орденом Червоного Прапора. У грудні 1942 року наказом Ставки Верховного Головнокомандування Олексій Иннокентьевич призначається першим заступником начальника Генерального штабу та начальником Оперативного управління. З того часу почалася активна робота А.І. Антонова в цьому вищому органі управління Червоною Армією.
Робота в Генеральному штабі складна і багатогранна. У його функції входили збір і обробка оперативно-стратегічної інформації про обстановку, що складалася на фронтах, підготовка оперативних розрахунків і пропозицій щодо застосування Збройних Сил, безпосередня розробка планів військових кампаній і стратегічних операцій на театрах військових дій. На основі рішень Ставки і Верховного Головнокомандувача Генеральний штаб готував директиви командуючим фронтами, флотами і видами Збройних Сил та їх штабам, готував накази народного комісара оборони, здійснював контроль за їх виконанням, стежив за підготовкою стратегічних резервів та їх правильним використанням.
На Генеральний штаб була покладена також завдання узагальнення передового бойового досвіду об'єднань, з'єднань і частин. Генштаб розробляв найважливіші положення в області військової теорії, готував пропозиції та заявки на виробництво військової техніки та озброєнь. Він був також відповідальним за координацію бойових дій партизанських формувань із з'єднаннями Червоної Армії.
У січні 1943 року генерал А.І. Антонов в якості представника Ставки був направлений на Брянський, а потім на Воронезький і Центральний фронти. Воронезько-Касторненская операція, в ході якої Олексій Иннокентьевич займався координацією дій військ, була успішно завершена. Були звільнені міста Воронеж і Курськ. За поданням А.М. Василевського генерал-лейтенант А.І. Антонов був нагороджений орденом Суворова I ступеня. По закінченні цього відрядження Олексій Иннокентьевич став бувати в Ставці по кілька разів на день. Він ретельно аналізував надходила з фронтів інформацію, заслуховував багатьох генералів і офіцерів, погоджував найбільш важливі питання з командуванням фронтів і доповідав пропозиції Верховному Головнокомандувачу. У квітні 1943 року А.І. Антонову присвоюється військове звання генерал-полковника, а в травні він звільняється від обов'язків начальника Оперативного управління, залишаючись першим заступником начальника Генерального штабу.
Першою великою стратегічною операцією, в плануванні якої А.І. Антонов брав безпосередню участь, була Курська битва. За організацію та підготовку цієї битви він був нагороджений орденом Вітчизняної війни I ступеня. Підготовлюваного противником потужному наступові на Курській дузі радянське Верховне Головнокомандування вирішило протиставити глибоко ешело...
