ий договір, в якому в 1800 році Іспанія повертала французької Директорії Наполеона землю, звану «Луїзіана» і нечітко певну між Міссісіпі і вододілом Скелястих гір, Мексиканською затокою і витоками Міссурі (Франція передала її Іспанії в 1762 році), він у вказівках своєму посланнику в Парижі безкомпромісно сформулював американський національний інтерес: «Є одне місце на земній кулі, чиї власники є нашими природними і постійними ворогами. Це Новий Орлеан, через який змушені шукати шлях до ринку врожаї та вироби трьох восьмих нашій території ... Франція в ролі контролера цих воріт є викликом; Іспанія, не піднімаючи шуму, могла б зберігати їх довгі роки ... Ніяке інше розвиток, починаючи з революційної війни, не викликало у всьому організмі нації більш неприємні почуття » (18 квітня 1802 Роберту Р. Лівінгстону).
Оцінка Джефферсона відповідала настроям серед фермерів західніше Аппалачів. Але до успіху призвів не загрозливий жест Джефферсона, а жовта лихоманка, що знищила більшу частину французьких військ, які повинні були придушити повстання рабів і мулатів під проводом Туссен-Лувертюра проти колоніального панування французів на острові Еспаньола. Наполеон запропонував посередникам Джефферсона 11 квітня 1803 купити всю Луїзіану за 80 мільйонів франків (у той час близько 15 мільйонів доларів). Сенат схвалив текст договору 20 жовтня 1803 з результатом голосування 24 проти 7. А 20 грудня 1803 над Новим Орлеаном був вивішений зоряний прапор.
За час перебування на посаді президента (1805-1809) Джефферсон не вжив нічого явного проти розширення мануфактур і проти введеного Гамільтоном банку Сполучених Штатів, ліцензія якого була дійсна до 1811 року. Як іронія долі, торгове ембарго проти Англії викликало навіть прискорення ранньої індустріалізації, особливо бавовняних і вовняних прядильних фабрик і ткацького виробництва Нової Англії. У господарсько-політичної частини свого останнього щорічного звернення до Конгресу в листопаді 1808 Джефферсон визнав, нарешті, корисність все більш механізованих мануфактур, що вимагають капіталовкладень, і погодився з необхідністю вигідних податкових умов і «захисних мит» для їх подальшого розвитку. Розширення доріг, каналів і річок і державне шкільну освіту він представив без великого натиску і детальних рекомендацій законодавцям на місцях як складові частини «великого фундаменту добробуту і міцності союзу». У 1806 році Джефферсон активно брав участь у підготовці закону про припинення легального ввезення рабів. Федеральні законодавчі органи змогли припинити імпорт нових африканських рабів на підставі конституційного компромісу від 1787 тільки в 1808 році. Ініціатива Джефферсона призвела до того, що закон вступив в силу точно 1 січня 1808.
Знову спалахнули в 1803 році наполеонівські війни так заважали американському торговому флоту на Атлантичному океані і в європейських портах, що захист торгових прав стала першочерговим зовнішньополітичним завданням «нейтрала» Джефферсона під час його другого терміну перебування на посаді президента. З 1805 перевершує британський військовий флот не захотів більше терпіти дохідні рейси американських судів між французькими Карибськими островами і Францією і почав у великій кількості конфісковувати американські торгові судна і їхні вантажі на Атлантичному океані і примушувати матросів до служби, як нібито втекли з англійської військово-морського флоту. У відповідь на це Джефферсон пригрозив ...
