ify"> У 1790 році президент Вашингтон призначив Джефферсона першим міністром закордонних справ у своєму кабінеті. Після того як Джефферсону не вдалося переконати президента, що створення центрального банку Сполучених Штатів ризиковано і суперечить конституції, він в 1793 році зі скандалом пішов з кабінету. З 1792 роки разом з Медісоном, який очолює в палаті представників опозиційну фракцію проти економічної політики Гамільтона, організував першу опозиційну партію в американській історії партій. Щоб застерегти від повернення до монархії, прихильники Джефферсона стали називати себе республіканцями або демократами.
В результаті виборів 1796 Джефферсон став віце-президентом федераліста Джона Адамса. Кандидат, який посів друге місце за кількістю відданих за нього голосів, автоматично ставав віце-президентом. Джефферсон виконував обов'язки голови сенату і організовував опозицію.
Президентські вибори 1800 були вперше організовані і публіцистично підготовлені двома партіями. Прихильники Джефферсона вимагали скасування придушення свободи думок внаслідок законів про іноземців та підривної діяльності і зниження прямих податків, з яких федералісти фінансували військово-морський флот.
У палаті представників і сенаті прихильники Джефферсона домоглися більшості. У виборної колегії Джефферсон і ньюйоркец Ерон Бурр, що намічався на пост віце-президента, отримали по 73 голоси, на Джона Адамса, кандидата федералістів, довелося 65 голосів. На випадок рівності голосів конституція передбачала голосування існуючої на даний час, тобто знаходиться в руках федералістів, палати представників, члени якої в цьому випадку повинні голосувати не індивідуально, а по штатах. Джефферсон отримав необхідну більшість голосів тільки в 36 турі завдяки втручанню в його користь свого заклятого суперника Александера Гамільтона, який очікував менше шкоди від процвітаючого Джефферсона, ніж від небезпечно амбітного і непередбачуваного Бурра. Щоб уникнути ускладнень 1801, 12-а поправка до конституції наказувала з 1804 окреме голосування за президента і віце-президента. З цих пір партія більшості може провести своїх кандидатів на обидві посади.
Вибори президента і Конгресу в 1800 році Джефферсон із задоволенням назвав «революцією», тому що змінив в Білому домі федераліста Джона Адамса. Незважаючи на протилежну за змістом риторику федералістів у передвиборній боротьбі, урядова система федеральної республіки нового типу виявилася дієздатною і при президенті Джефферсоне. В економічній політиці Джефферсон проголосив загальну економію і виплату всіх державних боргів, залишених федералістами.
Керівниками шести міністерств Джефферсон призначив компетентних і досвідчених в державній службі активістів своєї партії. Розподіл вищих федеральних посад і посад у виконавчих органах влади надалі було немислимо без урахування регіональної пропорції.
До кінця його другого правління майже три чверті адміністративних посад союзу були зайняті послідовниками Джефферсона. Він і його послідовники підтримували численні партійні газети навіть у провінційних містечках.
Зовнішньополітичне рішення Джефферсона, що має найбільші наслідки, призвело в 1803 році до подвоєння території США і показало, що в кризових ситуаціях він цілком володіє рішучістю вищого представника національних інтересів. Коли він дізнався про таємн...