класу комах. Заповідник з 1981 р. веде спостереження за найбільш небезпечними для лісового господарства комахами. За час існування заповідника спалахів масового їх розмноження практично не було, за винятком локальних спалахів чисельності лучного метелика, п'ядуна березолістной, вербової волнянки і непарного шовкопряда. Істотної шкоди рослинним ресурсам заповідника при цьому нанесено не було.
Іхтіофауна заповідника представлена ​​12 видами. Основні з них харіус, ленок і таймень. Всі ці види заходять в річки на період нересту і нагулу, в кінці літа вони мігрують в Байкал і зимують в озері. Виняток становить річка Темник, де харіус, ленок, минь і, можливо, таймень здатні жити і взимку. Крім зазначених видів для водойм заповідника звичайні гольян, плотва і щука.
Фауна земноводних і плазунів вкрай бідна. Широко по заповіднику поширена живородяща ящірка. На узбережжі Байкалу звичайна остромордая жаба, дуже рідкісна далекосхідна квакша. На південному схилі Хамар-Дабан мешкають сибірський углозуб і звичайний щитомордник.
У заповіднику налічують більше 250 видів птахів, що відносяться до 19 загонам. Орнітофауна тут відрізняється складністю зоогеографічної структури. Домінують сибірські види, але в той же час налічується чимало представників європейських і арктичних фаун. До числа ж особливостей слід віднести наявність елементів східно-азіатської, монгольської, китайської та тибетської орнітофауни (Васильченко, 1985).
З усіх видів птахів, зустрінутих на території заповідника, 93 види є прогоновими і зустрічаються тільки навесні або восени; 162 виду постійно гніздяться в заповіднику; 39 з них оседли (залишаються на зимівлю). Деякі птахи прилітають в заповідник на зимівлю або з'являються під час зимових кочівель (наприклад зимняк, біла сова, омелюхи, чечітки, пуночка). Цікавий факт зальоту в район заповідника колпіци, галагаза, мухоловки-пеструхи.
З денних хижих птахів в лісах заповідника широко поширені канюк, чорний шуліка, яструби - перепелятник і тетерев'ятник. Зрідка зустрічаються чубатий осоед і малий перепелятник. Постійно гніздяться чеглок і боривітер. p> На заповідній території мало водойм, придатних для проживання водоплавних, тому їх кількість тут невелика. На узбережжі Байкалу і в долині р.. Темник гніздяться кряква і чирок-свистунок. У долинах великих річок постійно мешкає великий крохаль і, рідше, середній крохаль. На озерах південного схилу хребта зустрічається горбоносий турпан.
У всіх висотних поясах поширені представники сімейства курячих. Звичайним птахом високогір'я є тундряная куріпка, що гніздиться в кам'янистих розсипах і в гірській тундрі з чагарниками берізки круглолістной і рододендрона золотистого. Після виведення пташенят куріпки нерідко тримаються і в заростях кедрового стланика. Широко, але нерівномірно поширений в заповіднику звичайний глухар. Типові місцеперебування цього птаха - сосняки, а також кедровники у верхньої кордону л...
