Франкське держава значно послабшав. Це дозволило чеським, моравським і словацьким землях об'єднатися та створити слов'янську державу - Велику Моравію. На противагу цьому, восточнофранкськой король Людовик Німецький створив у Нижній Паннонії Блатенское князівство на чолі з вірним союзником франків князем Прібіна, який став активно поширювати християнство за західним обрядом. Почалася колонізація Паннонії німцями. Після смерті Прібіни князем став його син Коцел (861-874), який у своїй політиці орієнтувався на Велику Моравію. При ньому були створені сприятливі умови діяльності візантійських місіонерів, братів Кирила і Мефодія, які в 867 р. рушили з Моравії для затвердження своїх повноважень до римського папи. По дорозі в Рим вони побували в Паннонії і зустрілися з Коцел. Згідно Житієм Кирила, Коцел полюбив слов'янські книги і просив Кирила і Мефодія навчити 50 учнів.
У 869 р. в результаті повстання проти німців Велика Моравія і Нижня Паннонія, об'єднавшись, стали незалежними. Було створено нове архієпископство, яке очолив Мефодій, який проводив богослужіння слов'янською мовою. Однак через внутрішні ускладнень, що виникли в великоморавський державі, Мефодій змушений був з'явитися на синод німецьких священиків, після чого був кинутий у в'язницю. Коцел, позбувшись підтримки Великоморавської держави, не зміг довго чинити опір німцям, і в 874 р. Блатенское князівство остаточно втратило свою незалежність. Мефодій і його учні, що повернулися в Паннонію в 873 р., незабаром були вигнані з країни, а богослужіння слов'янською мовою заборонено. Німецькі священики очолили поширення християнства в Паннонських землях.
В кінці IX в. паннонським словенці зазнали настанню угорців, які осіли в середньому Подунав'ї на території колишньої Паннонії. Таким чином, вже в Х ст. південні слов'яни опинилися відокремлені від західних слов'ян землями, населеними угорцями, а словенці, що жили у Нижній Паннонії, були майже повністю мадяризували.
Після розпаду Восточнофранкского королівства Карантанія і Крайна увійшли (976) в Німецьку імперію, де було створено герцогство Велика Карантанія. До нього увійшли всі словенські землі, в тому числі Фріулі і Істрія. Герцогство проіснувало до XII ст., коли на основі колишніх частин Великої Карантанії стали складатися территориально-політичні одиниці - Штирія, Каринтія, Крайна, Істрія.
У середині XIII в., після смерті представників німецької імперської династії Бабенгергов, словенські землі потрапили в сферу політичних інтересів посилилися сусідів - Чехії та Угорщини. На словенські землі претендували як чеський король Пржемисл II, так і угорська - Бела IV. Перемога у війні за Словенію дісталася Пржемислу II. До Чехії відійшли Австрія, Штирія, Каринтія і Крайна. 1273 р. німецьким імператором став Рудольф Габсбург, який оголосив незаконним захоплення восточноальпійскіх земель Пржемислом II. В 1278 р. в результаті чесько-німецької війни словенські землі відійшли до Габсбургів. Імператор Рудольф залишив за собою Штирію, а Каринтію і Крайну віддав своєму сподвижникові Майнхард, графу Тірольського. У 1335 р., коли вимер рід тірольських графів, Крайна і Каринтія опинилися під владою Габсбургів. Словенці, проживали в Істрії, в XII-XIII ст. потрапили під владу Венеціанської республіки.
До середини ХV ст. Габсбурги стали власниками всієї Штирії, Каринтії і Крайни. Спираючись на середніх і дрібних феодалів, роздаючи різні привілеї, вони придушували сепаратизм родовитих магнатів.
Наслідком цієї політики з'явився значне зростання ролі станових зібрань в словенських землях. Перші громадські збори представників дворянства Штирії, Каринтії і Крайни відносяться вже до ХI в. У 90-і рр.. ХV ст. ці землі утворили так звану Внутрішню Австрію і були тісно пов'язані з один одним економічно і політично середнім і дрібним феодалам.
З початку ХV в. на словенські землі починають здійснювати набіги турки, плюндруючи міста, вбиваючи жителів. Але це не завадило імператору Фрідріх III вступити в запеклу боротьбу з угорським королем Матвієм Корвін за землі на південному сході Німецької імперії. В кінці XV в. восточноальпійскіе території, в тому числі і словенські землі, на кілька років увійшли до складу Угорського королівства Матвія Корвіна. Після його смерті в 1490 р. вони знову ввійшли до складу Габсбурзька володінь - так звану провінцію Східна Австрія. У 1500 р. Габсбурги успадковували словенська гірничорудний район Гориця, а в 1526 р., після битви під Мохачем і розгрому угорців турками, вони приєднали до імперії Габсбургів область р. Мури, населену етнічними словенцями. Таким чином, практично всі словенські землі опинилися у складі Австрійської імперії і перебували під її пануванням більше 600 років. Тільки невелика частина словенських земель, словенська Істрія, залишилася в складі Венеції аж до початку XIX в.
Соціально-економічний розвиток середньовічних словенсь...