ряд місць для представників майбутніх країн-членів.
Таким чином, Ниццский договір реалізував принцип: одна держава - один комісар, незалежно від кількості держав-членів Євросоюзу. Рішення ж про кількість комісарів в Європейському союзі, що складається з 27 держав-членів, відкладалося на майбутнє.
Список кандидатів у комісари, за положенням Ніццького договору, створювався відповідно до пропозицій країн-членів ЄС, таким чином, щоб Рада не мав можливості відхилити або затвердити кандидатуру не відповідає вибором держави-члена. Так, країни-учасники ЄС зберігали можливість контролювати скликається Комісію зсередини за допомогою своїх представників.
Протягом усього ходу Міжурядової конференції йшли палкі дебати про те, якою ж у підсумку повинна стати структура Комісії Європейського союзу. Тривалі суперечки, переговори і дебати не сприяли зростанню легітимності, як розроблюваного установчого договору, так і всього Євросоюзу в цілому.
Не менш важливим моментом з'явилася корінна трансформація в Ниццский договорі інституту поглибленого співробітництва, суттєво полегшивши процедуру його установи. Таким чином, договір передбачав, що за ініціативою восьми або більше держав-членів схваленої Радою, яка приймає рішення кваліфікованою більшістю можливо установа поглибленого співробітництва в рамках частини країн-учасниць Європейського союзу. Це мало сприяти процесу поглиблення інтеграції, таким чином, що група країн пішли по шляху поглиблення інтеграції вперед, потягне за собою інші країни-учасниці об'єднання. А також дозволяло країнами, що бажали реалізувати поглиблене співробітництво в рамках лише частини союзу.
Можна сказати, що в рамках Євросоюзу стало можливе здійснення програм, заходів і створення для цього необхідних спеціалізованих інститутів, які сприятимуть прогресивному розвитку європейської інтеграції, але, що не охоплюючи всі держави-члени Європейського Союзу. Причини тому можуть бути різні: небажання окремих держав безпосередньо брати участь у реалізації так званих просунутих проектів або їх невідповідність вимогам і критеріям, пов'язаним з реалізацією того чи іншого просунутого проекту.
Ниццский договір містить дуже деталізовані і розгорнуті постанови, які стосуються концепції просунутого розвитку. Цій проблематиці присвячено переглянутий розділ 7 договору про Європейський Союз і цілий ряд окремих статей Договору про ЄС. Порядок фінансування просунутих проектів, формування механізмів і використання спеціальних інститутів (або інститутів Союзу) при реалізації просунутих проектів - все це знаходить досить детальне закріплення і регулювання у постановах установчих актів.
Однак при проголошенні зовні єдиних цілей Європейського союзу і шляхів їх реалізації в Ниццский договорі чимала частина експертів звертає увагу на ту обставину, що змінюються процедури, механізми прийняття рішень та трансформація самих інститутів йде в напрямку посилення позицій «старих »держав-членів і особливо провідних держав всередині Європейського Союзу.
Так, Романо Проді, у своєму виступів перед Європейським парламентом у січні 2001 року, зазначив: «У Ніцці 15 держав-членів, будучи стурбовані своїми національними інтересами, змогли досягти лише недосконалого угоди, яка не є великим кроком вперед. Більше того, більшість глав держав і урядів скоріше праг...