ордера № 606 оперативний співробітник УГБ НКВД Сорокін справив 22 липня 1937 обшук квартири Войно-Ясенецького, а після заарештував владику. 24 липня єпископ був викликаний на перший допит слідчим Кириловим. Також, разом з єпископом, було заарештовано архієпископ Ташкентський і Середньоазіатський Борис (Шипулін), архімандрит Валентин (Ляхоцький), протоієрей Михайло Андрєєв і протодиякон цвинтарної церкви Іван Середа. Практично всі вони, не витримавши тортур, дали неправдиві свідчення проти єпископа Луки, звинувативши того в участі у змові проти радянської влади.
«Особливо важким випробуванням для єпископа була зрада близьких йому людей. Протоієрей Михайло Андрєєв, під керівництвом якого професор Войно-Ясенецький, можна сказати, воцерковлятися, коли відвідував богословські зборів в вокзальної церкви Ташкента, який слідував разом з єпископом Лукою в першу сибірське заслання, не витримавши тюремних тортур, лжесвідчить на Владику. Архієпископ Борис (Шипулін), який був правлячим Ташкентським архієреєм і який, звичайно ж, знав про величезний авторитет і кришталевої чесності єпископа-хірурга, проте лжесвідчить на нього. І архімандрит Валентин (Ляхоцький), неодноразово отримував від Владики матеріальну допомогу, підписується під звинуваченням у тому, що єпископ Лука іноземний агент і державний злочинець. Протодиякон цвинтарної церкви Іван Середа теж поливає брудом святителя. Але Владика твердий на все допитах, ні на кого не обмовляє, нікого не обумовлює. Він вірить, що свідчення проти нього вибиті силою, хоча той же протодиякон Іван Середа був секретним співробітником ГПУ, а про архієпископа Борисі (Шипунова) Владиці Луці відомо, що під час попередніх арештів той своїми неправдивими свідченнями погубив чимало невинних людей. Особлива нарада засудило єпископа Луку до посиланням на п'ять років у Красноярський край. Підписавши ж помилкові звинувачення архієпископ Борис, протодиякон Іван Середа протоієрей Михайло Андрєєв і єпископ Євген (Кобранов) були засуджені до розстрілу, а архімандрит Валентин - до десяти років таборів ». [1]
Поки єпископ перебував під арештом, співробітники ГПУ-НКВД активно допитували всіх, з ким спілкувався Владика. Методом погроз і залякувань, а також фальсифікацій, їм вдалося зібрати достатньо матеріалу, даного лжесвідками і трусами для порушення «повноцінного» кримінальної справи проти святителя. «11 серпня 1937 Костіну вдалося отримати визнання Є.Я. Кобранова про існування великої контрреволюційної організації, в актив якої входило 22 особи. Цілком очевидно, що всі вони були заарештовані негайно і через деякий час розіслані по різних таборами і розстріляні ». [2]
Методом знущання, побиття і принижень, співробітники ГПУ-НКВД одного за іншим ламали людей, волею-неволею спілкувалися з єпископом Лукою. Їх доля була незавидна, як відпрацьований і відслужив свій термін придатності матеріал вони згинули в таборах. «На місяць довше довелося чекістам повозитися зі священнослужителями В.В. Багрянського, Б.П. Шипулін і М.М. Андрєєвим. Але й вони не витримали методів фізичного впливу і підписали всі протоколи, які їм підготували чекісти Лацис і Кирилов ». [3]
Після вибивання нових свідчень, до кримінальної справи було залучено ще 15 осіб. Прокуратура Узбекистану продовжила термін слідства до 25 жовтня 1937 потім, вже Москвою воно було знову продовжено до 3 грудня. З усіх підслідних, тільки єпископ Лука ви...