онадштатного лаборанта. Ф.М. Флавіцкий читав студентам курси фізичної хімії (в 1873-1875 рр. І з 1884 р), аналітичної хімії (з 1875 г.) і неорганічної хімії (з 1884 і до 1917 р). З 1884 року він викладав також у ветеринарному інституті, де завідував кафедрою хімії і читав курси аналітичної (по 1878 г.), неорганічної (до 1904 р) та органічної (по 1912 р) хімії. В якості основних посібників з неорганічної хімії він рекомендував студентам свою «Загальну або неорганічну хімію», «Основи хімії» Д.І. Менделєєва і підручник А.І. Горбова «Хімічні елементи і їх найпростіші з'єднання», ч. I. Металоїди (СПб., 1908). У 1891 р він випустив в Казані літографований «Курс неорганічної хімії», в 1894, 1898 і 1907 рр.- Видання «Загальної або неорганічної хімії» У підручнику 1907 було 510 сторінок, він багато ілюстрований зображеннями окремих приладів і установок в дії, досліди детально пояснені в тексті. Підручник студентам подобався. Друкована «Програма» 1908 показує, що від студента турбувалися знання не всього підручника.
У 1878 р Ф.М. Флавіцкий захоплювала ідея синтезу терпенів. Тоді було відомо, що терпени - це ненасичені вуглеводні складу C10H16 з однією або двома подвійними зв'язками. Знали також про здатність здебільшого терпенів та їх похідних обертати площину поляризації світла. Але в цілому, хімія терпенів була розроблена ще дуже слабо. Трудність виділення окремих індивідуумів терпенів з їх сумішей, які зазвичай представляють природні ефірні масла, мінливість терпенів, схильність їх до легким і глибоко йде перегрупувань служили причиною того, що в номенклатурі терпенів довгий час панував повний хаос. Майже кожен дослідник виділяв з досліджуваного ефірного масла все нові і нові терпени і давав отриманому з'єднанню нову назву. Одні й ті ж речовини тому носили різні назви і описувалися як різні сполуки і, навпаки, часто різні речовини ототожнювалися з яким-небудь одним Терпіння ». Забігаючи наперед відзначимо, що одним з важливих результатів докторської дисертації Флавіцкий вважають розробку чіткої системи класифікації терпенів по їх хімічним властивостям, а не за походженням (приклади старих назв - пінен французького скипидару, лімонен, камфен та ін.).
Допустивши, що поєднання залишків C5 з кратними зв'язками дають терпени (С5Н8) х, Флавіцкий вирішив, що «окислення при помірних умовах має найвірніше привести до пояснення натури терпенів», важливим вважав і вивчення летючих продуктів окислення.
У 1879 р в С.-Петербурзі відбувся з'їзд натуралістів, на якому Ф.М. Флавіцкий не зміг бути присутнім через матеріальних труднощів. Після трьох років напруженої роботи Ф.М. Флавіцкий узагальнив свої дослідження в докторській дисертації «Про деякі властивості терпенів і їх взаємних відносинах». За словами Б.А. Арбузова, «дослідження Флавіцкий в значній мірі роз'яснює складну картину перетворень, що має місце при дії на d-терпени і l-терпени (альфа-пінени) хлористого водню і соляної кислоти в різних середовищах, і приходить до протилежних висновків, ніж знаменитий французький хімік М. Бертло, на природу так званого рідкого монохлоргідрату ». Теза Флавіцкий категоричний: «Визнавати існування рідкого монохлоргідрату немає ніяких підстав».
Лютий 1881 в Казані відбувся захист Ф.М. Флавіцкий докторської дисертації. Він писав рідним, що на захисті Зайцев «заперечував небагато, але до ладу і з похвалами», і хоча диспут «по безглуздості Глинського» (другого опонента) тягнувся 3:00, успіх був повним.
Сучасники високо оцінили фундаментальний внесок Флавіцкий в хімію терпенів. Н.А. Меншуткин в 1894. підкреслив: Ф.М. Флавіцкий «перший указав, що в здавався нам нескінченним розмаїтті терпенів повторюються небагато типи». Видатний фахівець із терпінням Ф. Земмлер поставив Ф.М. Флавіцкий поряд з Е.Е. Вагнером, О. Валлахи, В. Байєром і У.О. Тільденом. А.Є. Арбузов оцінив її як «блискуче виконане експериментальне дослідження в абсолютно темній в той час області терпенів», як великий крок уперед у їх вивченні. Починаючи з 1927 р, А.Є. Арбузов, а особливо Б.А. Арбузов, заглибилися в хімію терпенів і, як писав Борис Олександрович, їх «перші роботи ... з'явилися безпосереднім продовженням робіт Ф.Ф. Флавіцкий ».
Працюючи над амиленом і терпенами, Флавіан Михайлович майже не мав співавторів та учнів. Зайнявши кафедру неорганічної хімії, він повинен був показати її «обличчя», створити свою школу і в цьому досяг великих успіхів (за наявності школи А.М. Зайцева - продовжувача справи Бутлерова - Флавіцкий, як людині більш м'якого характеру, зробити це було нелегко).
У 1889 р він писав братові, що А.М. Зайцев прагне «ізолювати мене ... від студентів», але все ж «мисливці займатися у мене були і перебувають». При Флавіцкий студенти університету практично вперше стали широко залучатися до наукову роботу не з органічної (або технічної) хімії...
