айні PIP-бокси і новий, другий контакт в середині аденілірованія домена. Цікаво також, що спостерігається значний нахил ДНК від осі кільця PCNA. На основі цього структурного аналізу було встановлено механізм, в якому PCNA пов'язує і випускає білок послідовно. Справді, більшість білків, що пов'язуються PCNA мають одні й ті ж області зв'язування в междоменной сполучної петлі (IDCL) і загальний С-кінцевий хвіст PCNA. Структурні особливості виключають можливість того, що три білка пов'язаний з одним кільцем PCNA одночасно, так як ДНК-лігаза займає два з трьох субодиниць тримера PCNA.
У разі RFCPCNA-ДНК об'єднання, отриманого таким же способом електронного микроскопирования, RFC повністю закриває кільце PCNA, таким чином блокуючи доступ іншим білкам. Ці потрійні комплекси складені на користь механізму, що включає послідовне зв'язування і вивільнення факторів реплікації.
12. Флеп-ендонуклеаза 1 (FEN1)
Ефективна робота фрагментів Окадзакі при створенні безперервного ланцюга ДНК має важливе значення для відстаючих ниток синтезу в асиметричній реплікації ДНК. Праймазная синтезовані РНК / ДНК-праймери мають бути видалені, щоб приєднатися до фрагментів Окадзакі в интактную безперервну нитку ДНК. Флеп-ендонуклеаза 1 (FEN1) в основному відповідає за це завдання. Освіта фрагментів Окадзакі сильно погоджено з безперервним синтезом ДНК і взаємодією ДНК-полімерази, FEN1 і ДНК-лігази з PCNA, щоб ці ферменти діяли послідовно в ході процесу освіти, як описано вище. FEN1, структура конкретної 5 «-ендонуклеази, зокрема, визнає двухцепочечную ДНК з непозначеному 5» кінця.
В еукаріотичних системах фрагменти Окадзакі 5 'кінця ДНК утворені активним заміщенням ланцюга ДНК-полімерази?. Lig I ущільнює закінчення після схлопування ДНК, розщепленого FEN1. Ці етапи обробки полегшуються за допомогою PCNA. Взаємодії між еукариотическими FEN1 і PCNA були добре вивчені, як і стимулюючу дію PCNA на активність FEN1.
Кристалічна структура людського FEN1-PCNA комплексу виявила три молекули FEN1, пов'язані з кожною субодиницею PCNA на триммерного кільці в різних конфігураціях. В даний час на основі цього структурного аналізу разом з описом секції ДНК-лігази вивчається «фліп-флоп» механізм переходу, який дозволяє білкам внутрішньо перемикатися для виконання різних функцій на цьому ж затиску ДНК в даний час. Були знайдені еукаріотичні гомологи FEN1 у архей.
Були визначені кристалічні структури FEN1 з М. Jannaschii, P. Furiosus , P. Horikoshii , A. Filgidus , і С. Solfataricus . Крім того, докладні біохімічні дослідження проводилися на FEN1 в P. Horikoshii . Таким чином, дослідження білків FEN1 у архей надали важливі відомості про структурну основі реакції розщеплення і схлопування ДНК. Наші останні дослідження показали, що активність флап-ендонуклеази FEN1 в P. furiosus стимулювалася PCNA.
Крім того, в лабораторних умовах було доведено стимулюючу дію PCNA на послідовні дії FEN1 і ДНК-лігази. На підставі цих результатів була побудована модель молекулярного механізму пе...
