і PIP-бокси. Щоб підтвердити, що ця область зберігається в архейной / еукаріотичної ДНК-лігази, були проаналізовані фізичні та функціональні взаємодії між ДНК-лігази і PCNA в А. Pernix , і взаємодія показало залежність від фенілаланіну 132 залишку, який розташований в передвіщеної області від множинного вирівнювання з АТФ-залежної ДНК-лігази.
Кристалічна структура людського Lig I, в комплекс з ДНК, була визначена в якості першої ATФ-залежної ДНК-лігази людини, хоча лігаза мала усічену N-кінцеву форму. Структура складається з N-кінцевого ДНК-зв'язуючого домену, середнього домену поліаденілювання, і С-кінцевого домену з ОВ-укладанням. Кристалічна структура Lig I (залишки з 233 по 919) в комплексі з обрізаною проміжної 5'-аденільной ДНК показала, що фермент перенаправляє шлях дцДНК, щоб виставити помічені кінці на реакцію приєднання. N-кінцевий ДНК-зв'язуючий домен працює, оточуючи субстрат ДНК начебто PCNA і стабілізує ДНК в спотворену структуру, що позиціонує каталітичне ядро ??на позначку.
Кристалічна структура повної довжини ДНК-лігази з P. Furiosus показала, що архітектура кожного домена нагадує їх в Lig I, але домен заходи разюче відрізняється між двома ферментами. Цей домен перебудови, ймовірно, пов'язаний з роллю спірального расщіренія в «доменному підключенні», збереженому в ДНК-лігази на С-кінцях в Архе і еукаріотах. ДНК субстрат у відкритій формі Lig I замінює послідовність VI на С-кінці, в ДНК-лігази закритої форми P. Furiosus.
І форма, і електростатичне розподіл подібні послідовності VI і субстрату ДНК, що передбачає, що послідовність VI в закритому стані імітує вхідний субстрат ДНК. У наслідку визначена кристалічна структура ДНК-лігази С. Solfataricus, яка є повністю відкритою структурою, в якій розширені три області. Також у цій роботі був проаналізований лігазная PCNA комплекс С. Solfataricus за допомогою SAXS. ДНК-лігаза С. Solfataricus пов'язана з кільцем PCNA, як і раніше зберігає відкриту, витягнуту конформацію. Закриті, кільцеподібні конформації спостерігається в структурі Lig I, як описано вище, що, ймовірно, є активною формою, яка виступає в якості каталізатора кінцевих реакції з'єднання ДНК і, отже, передбачається, що відкриває-закриває рух відбувається для лігування і перемикання в конформаційні зміни на пластичному інтерфейсі PCNA, який служить ефективною платформою для лігування ДНК.
В результаті електронного микроскопирования був виявлений потрійний комплекс тривимірної структури, що складається з ДНК-лігази-PCNA-ДНК, що утворився після виходу з цих кристалічних структур в білках P. Furiosus . У складовою структурі три області у формі півмісяця ДНК-лігази P. Furiosus оточують центральну дуплексну ДНК, оточену замкнутим кільцем PCNA. Взаємна орієнтація доменів лігази дивно відрізняється від кристалічних структур і, отже, велика перебудова домену відбувається за участю потрійного комплексу формування. У моделі зображення з електронного мікроскопа видно контакти ДНК-лігази і PCNA на двох областях, звич...
