ський генерал У Саньго, що охороняв північні проходи, відмовився визнати Лі Цзичена імператором і попросив маньчжурів допомогти йому відбити Пекін. Однак маньчжури самі залишилися в Китаї, поки У Саньго гнав розпалася і розбиту армію повстанців на захід, звідки вони й прийшли.
Лі Цзичен зазнав поразки від об'єднаної армії і змушений був залишити Пекін. Переслідуваний У Саньгуя, він втік в західні провінції, але в кінцевому рахунку був остаточно розбитий. Маньчжури, тим часом дозволивши У Саньго задовольнити свою спрагу помсти, спокійно зайняли Пекін і проголосили свого правителя імператором Китаю.
Система мінського управління на півночі вже звалилася, тому маньчжури зайняли північ і північний захід Китаю, практично не зустрічаючи опору. На півдні ж, навпаки, мінський наслідний принц теж проголосив себе імператором в Нанкіні, інші члени мінського будинку організували опір у Фучжоу і Кантоні. Справа придушення китайських претендентів на престол маньчжури залишили У Саньго і іншої підкорить їм китайським воєначальникам. У боротьбі з ними і залишками армії Лі Цзичена брали участь лише невеликі загони маньчжурів. Перше завоювання півдня закінчилося після тривалої війни вісімнадцять років по тому. Останній мінський претендент втік до Бірми. Південь був поділений між трьома китайськими князями: У Саньго влаштувався на південному заході, двоє інших, менш могутніх князя - на східному узбережжі. Безпосередня влада маньчжурів не сягала південніше Янцзи, а й на північному заході їх позиції були слабкі.
У перші тридцять років нової династії імперія лише формально підпорядковувалася маньчжурскому двору, який при імператорі Шуньчжі (1644-1662) був слабким і недієздатним. Сам імператор потрапив під опікунство євнухів Забороненого міста. Велику частину часу він присвячував буддійським духовним вправам. Коли в 1662 році він помер, влада нової династії була далека від стабільності. На трон зійшов восьмирічний хлопчик. Здавалося б, регентство повинно було ще більше послабити позиції династії. Мало хто міг передбачити, що цьому хлопчику призначено буде стати рятівником династії - великим Кансі.
Якби У Саньго, як номінальний васал правив на південному заході, вибрав цей момент, щоб розтрощити маньчжурську династію, йому це напевно вдалося б. Однак він чекав ще десять років. Лише в 1673 році на півдні почалося повстання. До цього часу Кансі вже позбувся опіки регентів і взяв кермо правління у свої руки, з самого початку показавши себе твердим і рішучим володарем. Тим не менш, заколот У Саньгуя майже знищив владу маньчжурів. Весь Південний Китай відразу ж був втрачений. У Саньго закликав на допомогу монгольські племена і пішов на північний захід, щоб з'єднатися з ними.
Однак планам його не судилося здійснитися, і в першу чергу через зради інших князів, спочатку підтримували У Саньгуя, а потім підкорилися маньчжурам і позбулися за свої праці влади. Але навіть завоювання узбережжя і поразка монголів не врятувало б династію, не будь У Саньго занадто старий для тягот довгої війни. Після п'яти років опору він помер, так і не зазнавши поразки і залишаючись володарем усього південно-західного Китаю. Сини його не володіли ні здібностями, ні авторитетом батька, та до того ж пересварилися між собою. У 1682 році Кансі захопив Юннаньфу, їх столицю, знищив сім'ю У і тим самим зміг нарешті придушити повстання і завершити завоювання півдня. Таким чином, південь повністю підкорився маньчжурам лише через сорок років після мирного взяття Пекіна.
Це визначило і подальше ставлення маньчжурів до китайських підданим півночі і півдня. Північ підкорився, і йому довіряли, до певної ступеня, звичайно. Непокірний південь вселяв побоювання і страх, йому не довіряли і безжально придушували. Столицею маньчжурів став Пекін, розташований близько до їх батьківщині і союзникам - монголам. Переваги нової влади відчувалися тільки в північних провінціях і столиці, а основні надходження до скарбниці йшли з півдня. Маньчжурів була жменька порівняно з китайським населенням імперії. До кінця правління династії маньчжурів було 10 млн., а китайців - 350 млн. Звичайно, трьома століттями раніше населення було набагато менше, але навряд чи при цьому частка маньчжурів у відсотковому відношенні була більше.
Очевидно, що нова влада не могла керувати величезною імперією, не спираючись на китайців. Також ясно, що якби маньчжури і китайці користувалися рівними правами, перші незабаром просто зникли б. Тому половина всіх цивільних постів була зарезервована за маньчжурами, інша половина - за китайцями. А це означало неадекватний розподіл між північними і південними провінціями, змагалися у Пекіні і Нанкіні відповідно.
Згідно з легендою, Шуньчжі не помер в 1662 році, він таємно залишив трон, щоб стати ченцем одного з монастирів недалеко від Пекіна; південно-західні ворота Північної столиці довго називалися Брамою Шуньчжі, бо, за переказами, саме через ці ворота імперат...