Головні напрямки діяльності - археологічні розкопки на «печерних містах» та археологічних пам'ятках району, обробка і введення в науковий обіг археологічного матеріалу. Сприяння охоронним заходам на археологічних пам'ятках. Планується поновлення експозиційної діяльності, вимушено перерваної в 1997 р.
Музей історії та культури кримських татар
Основним структурним підрозділом Заповідника є Музей історії та культури кримських татар, який базується на території колишнього палацу кримських ханів. Після анексії Криму Росією останній кримський хан покинув Бахчисарай, а палац з тих пір зберігався як пам'ятник східної архітектури, служачи одночасно сховищем предметів кримськотатарського мистецтва та етнографії, предметів старовини та історії. У майбутньому ця колекція з'явилася базою створеного 4 жовтня 1917 Національного музею кримських татар.
Художній музей Бахчисарайського державного історико-культурного заповідника
Відкриття музею відбулося 8 липня 1996 року. Цьому передувала п'ятирічна робота з реставрації та пристосування будівлі, збору та підготовки експонатів і створенню експозиції
Найбільшу цінність представляють твори знаменитих російських та іноземних майстрів XVIII-XIX століть: Ф.С. Рокотова, Д.Г. Левицького, С.С. Щукіна, Гюне, В.Ф. Тімма і ряду інших.
В даний час збори Художнього музею становить понад 1500 експонатів живопису, графіки, скульптури, декоративно-прикладного мистецтва. Кращі з них представлені в експозиції, розгорнутій в одній із старовинних будівель, в колишньому будинку доглядача Ханського палацу, гармонійно пов'язаного з архітектурою палацового комплексу.
Кримська астрофізична обсерваторія
Кримська астрофізична обсерваторія - найбільша астрономічна установа в Україні.
КрАО організована в 1945 на базі Симеїзської відділення Пулковської обсерваторії, заснованого в 1908р. Обсерваторія має сучасне науковим обладнанням, яке дозволяє проводити всебічні астрофізичні дослідження в широкому спектральному інтервалі електромагнітного випромінювання - від жорстких гамма-квантів до метрових радіохвиль, самих різних об'єктів Всесвіту (від штучних супутників Землі і малих тіл Сонячної системи до позагалактичних утворень).
На території кримської астрофізичної обсерваторії проводяться екскурсії з відвідуванням телескопів, можливістю подивитися на зоряне небо, побачити планети, туманності і галактики. На території наукового містечка близько двох десятків телескопів. Вони приховані в густому листі рідкісних порід дерев, привезених більше п'ятдесяти років тому з Нікітського ботанічного саду.
Гурзуфський філія будинку-музею А.П. Чехова
Гурзуфський філія будинку-музею А.П. Чехова - це відділ будинку-музею А.П. Чехова в Ялті. У 1900 р. Чехов купив будинок в Гурзуфі для відпочинку і самоти, так як Ялта письменникові здавалася дуже галасливою. Прожив Чехов тут недовго: близькість моря, вологе повітря від прибою позначилися на здоров'ї письменника. У серпні 1900 Чехов почав працювати над п'єсою «Три сестри». Пізніше письменник подарував дачу своїй дружині О.Л. Кніппер, яка приїжджала сюди до 1953р.
Музей О.С. Пушкіна в Г...