8]. У відмінності від описаних вище баз даних містить додатково закриті дані комерційних компаній. Надає набір програмних засобів для аналізу та пошуку інформації в мікрочіпах.
5. LAD (LonghornArrayDatabase) - клон Стенфордської бази даних, але без даних комерційних компаній. Ця база даних підтримує формат записів MIAME, побудована на відкритих технологіях (використовується Linux і PostgreSQL). Інформація про цій основі була опублікована в статті [9].
6. GENEVESTIGATOR - комерційна база даних по експресії генів. Володіє великим обсягом даних, однак за доступ до бази даних необхідно платити гроші. Підтримується двома лабораторіями в Швейцарії [10].
7. ArrayTrack - спеціалізована база даних містить дані про експресії генів для задач фармакології і для аналізу токсичності тих чи інших продуктів харчування або інших живих об'єктів. Дана база даних підтримує MIAME формат. Для того, щоб їй скористатися необхідно встановлювати додаткове програмне забезпечення. [11] Дана база підтримується (Національним центром токсикологічних досліджень) міністерством харчування та охорони здоров'я США.
8. CIBEX - база даних ДНК-мікрочіпів. Знаходиться на території Японії суворо підтримує MIAME формат.
Очевидно, що на поточний момент найбільш популярним способом зберігання даних ДНК-мікрочіпів є спосіб зберігання у форматі MIAME. Специфікація формату носить назву MAGE-Тab і була опублікована в журналі BMC Bioinformatics в 2006 році [12]. Формат дозволяє описувати експеримент як орієнтований ациклічний граф, де вершина - одна дія експерименту, дія може бути виражено як матриця з даними, а може відповідати порожній множині збережених даних, а ребро - спосіб отримання чергової матриці з даними. Приклад такої концепції відображено на малюнку 2. br/>В
Малюнок 2. Кроки експерименту (малюнок взятий зі статті
На малюнку 2 в якості джерела виступають матеріали взяті з різних тканин людини, потім з ними проводилася процедура гібридизації, тобто утворення хімічного зв'язку між комплементарними нуклеотидами, які В«пришитіВ» до мікрочипу, після чого ми бачимо файли з результатами, які будуть виражені матрицями значень, і потім серед цих файлів здійснюється нормалізація, в результаті чого виходить кінцевий файл, який називається В«FGDM.txtВ». Весь процес описується у вигляді MAGE-TAB специфікації і складається з декількох файлів. p align="justify"> Формат специфікує кілька типів файлів:
IDF - файл, що описує саме дослідження проведене експериментатором. Містить інформацію у вигляді текстових ...
