gn="justify"> В цілому технологія отримання відомостей з ДНК-мікрочіпа виглядає наступним чином:
. Виділяються або вирощуються біологічні зразки, які необхідно порівняти. Вони можуть відповідати одним і тим же індивідуумам до і після будь-якого лікування (випадок парних порівнянь), або різним групам індивідуумів, наприклад, хворим і здоровим, і т. д.
2.Із зразка виділяється очищена нуклеїнова кислота, що є об'єктом дослідження: це може бути РНК <# "justify"> Таким чином, аналізу ступеня експресії гена організмом зводиться до задачі обробки зображень. У поточний момент один мікрочіп у фірми Affymetrix містить до 250000x100 фрагментів. На малюнку 1 наведено приклад зображення отриманого з ДНК-мікрочіпа, пікселі зображення зібрані в групи і відповідають різним генам. br/>
В
Малюнок 1: Приклад зображення з ДНК-мікрочіпа
У поточний момент у світі існує кілька публічно доступних баз даних значень експресії генів, які зберігаються як файли зображень отриманих з відповідних приладів. До таких баз можна віднести:
1. ArrayExpress - база даних європейського біоінформатіческого інституту. У цій базі зберігаються дані про експерименти з функціональною частиною генома. Зокрема про експерименти з експресією генів. Дані в базі даних зберігаються у форматах MIAME і MINSEQE. Дані про експресії генів зібрані в окрему подбазу Atlas [4], яка додатково курується експертами.
2. ExpressDB - база даних експресії генів бактерії кишкова паличка (E.Coli ). У цій базі дані зайнятися у власному форматі схожому на формат MIAME. Використовуються ДНК-мікрочіпи компанії Affymetrix першого покоління [5].
3. GEO (GeneExpressionOmnibus) - база даних є публічним репозиторием для зберігання даних отриманих з мікрочіпів. Тут зберігаються як дані про експресії генів, так і дані отримані за допомогою сучасних технологій секвенування геному, які засновані на технології мікрочіпів. Науковому співтовариству надається можливість додавати свої дані про експерименти, проте процес додавання записів суворо формалізований і ретельно курується експертами (подібно базі Atlas). Дані зберігаються в MIAME форматі. База даних підтримується Національним Центром Інформації про Біотехнології (NCBI) США. Інформацію про базу даних GEO можна знайти в статтях [6], [7]. На момент 22 липня 2010 в базі даних міститься 457879 записів. У поточний момент це найбільша база даних результатів експериментів з ДНК-мікрочіпами і РНК-мікрочіпами.
4. SMD - Стенфордська база даних [...
