посередництва данських дипломатів російське уряд пішов на укладення невигідного для Росії перемир'я з Ливонським орденом. Лівонські феодали використовували перепочинок і підписали з польським королем Сигізмундом II Августом угоду, за яким орденські землі і володіння ризького архієпископа переходили під протекторат польського короля. Фюрстенберг був замінений новим магістром Г. Кетлера, прихильником Польщі. У тому ж році Данія захопила о. Езель (Сааремаа) і частина Курляндії. У січні 1560 російська армія під командуванням П.І. Шуйського, В.С. Срібного і І.Д. Мстиславського почала військові дії з облоги і взяття фортеці Марієнбург (Алуксне). У серпні російські війська розгромили орденську армію під Ермесу (Ергемс), обложили Феллін (Вільянді) і змусили противника, що мав у фортеці близько 470 знарядь, здатися. Успішним діям російських військ сприяла боротьба естонського і латиської народів Лівонії проти німецьких феодалів. 5 березня 1562 Лівонський орден припинив існування. Німецькі феодали Північної Естонії перейшли у підданство Швеції, решта володіння Лівонського ордену - під владу Великого князівства Литовського.
У другому періоді (1562-1578 рр..) велася боротьба з арміями Польського королівства, Великого князівства Литовського та Швеції. До грудня 1562 військові дії носили характер розвідки і збройної демонстрації. У відповідь на рух російських військ під Шклов, Копись, Оршу, ДУБРОВНА і Вітебськ литовці зробили набіг на Смоленщину і під Веліж. Великі військові дії проти Литви російське командування змушене було відкласти у зв'язку з набігом кримських татар в 1562 р. У грудні 80-тис. російське військо під командуванням Івана IV прибуло в Можайськ, в січні 1563 раптово обложило стратегічну фортецю і базу польських військ у Литві - Полоцьк і в лютому взяло його, попередньо зруйнувавши зміцнення вогнем артилерії. Відкрився шлях до столиці Литви - Вільно (Вільнюс) і до Риги. Однак посилення боротьби боярської опозиції проти політики Івана IV і зрада деяких воєначальників (перехід на бік Литви командувача російським військом А.М. Курбського та ін) зумовили невдачі російських військ: у січні 1564 на р.. Улле, в липні під Оршею. Восени в російські землі знову вторглися орди кримського хана Девлет-Гірея. В інтересах продовження війни з Литвою восени 1564 російське уряд уклав семирічне перемир'я зі Швецією (з 21 листопада 1564), за умовами якого за Швецією визнавалися Ревель (Таллін), Пернов (Пярну), Вейсенштейн (Пайду) і Каркус. Це було серйозною поступкою Швеції. З метою боротьби з боярської опозицією - противницею Лівонської війни і створення умов для перелому у війні Іван IV в 1565 р. заснував опричнину; Новгородська і Псковська землі, на яких проходили військові дії Лівонської війни, увійшли в царський доля. Земський собор 1566 підтримав намір царя продовжити війну в Прибалтиці. Тим часом зовнішньополітичне становище Росії ускладнилося. У 1569 р. Польське королівство і Велике князівство Литовське об'єдналися в одну державу - Річ Посполиту. На Півдні війська Кримського ханства і Туреччини обложили Астрахань (1569 р.). У 1571 р. Девлет-Гірей здійснив спустошливий набіг на Москву. Відбивши удари противників на Півдні, російська армія перенесла військові дії на 3апад.
Воєнні дії в Лівонії в 1572-1575 рр.. не відрізнялися великим розмахом. Наприкінці 1572 знову загострилися відносини зі Швецією. У січні 1573 р. російське військо під командуванням Івана IV штурмом взяли опорний пункт шведів в Прибалтиці - фортеця Вейсенштейн; в кампанії 1574 успішні оборонні дії російських військ зірвали облогу шведами фортець Везенберг і Тольсбург. У 1574-1575 рр.. російські війська узяли ряд фортець, у т. ч. Пернов. Вдало для России закінчилася і кампанія 1576: за винятком Риги і Ревеля, всі південно-східне узбережжя перейшло в її руки. Влітку 1577 100-тис. російська армія під командуванням Івана IV опанувала фортецями Люцин, Креіцбург, Лаудон (Левдун), Засвеген (Чествін), Берзон (Барзах), Колюценау, Венден (Цесис) та ін Війська Речі Посполитої були відтіснені за Двіну. Що прийшов до влади 1576 р. король Речі Посполитої Стефан Баторій 1578 р. пішов на тимчасове трирічне перемир'я.
Російському державі доводилося вести заключний етап другого періоду війни в стані повної політичної ізоляції. Міжнародній позиції Речі Посполитої зміцніли: вона врегулювала відносини з австрійськими Габсбургами, з Кримським ханством і Туреччиною, її союзником проти Росії була Швеція. У цих умовах Стефан Баторій порушив перемир'я і, змовившись про підтримці з Швецією і Кримським ханством, почав військові дії. У його армію були зібрані війська всієї католицької Європи: німецькі, угорські, польські, литовські, датські і шотландські найманці. Війна з Росією набула характеру загальноєвропейського хрестового походу. У 1578 р. загальна чисельність військ Речі Посполитої виросла до 150 тис. осіб. Командувачем армією став Я. Замойський. У російською війську налічувалося ...