а 26 березня М. Балудянський був знову обраний деканом філософсько-юридичного факультету. 27 жовтня 1819 він став першим ректором Санкт-Петербурзького університету, а місце декана філософсько-юридичного факультету зайняв його земляк П. Лодій. Сучасники і біографи М. Балудянського стверджували, що "кожен студент вільно, без перешкод і відкрито" міг звернутися до ректора за підтримкою і навіть матеріальною допомогою. На жаль, політична ситуація, яка виникла в діяв при університеті благородному пансіоні, змусили М. Балудянського подати у відставку. Однак знання вченого були затребувані на державній службі. Він продовжував працювати в уряді, зокрема, виконував деякі дипломатичні доручення, був арбітром від Росії у вирішенні спорів між Англією і Америкою, вів дипломатичну переписку між імператорської канцелярією і Китаєм, а також з китайськими вченими. p align="justify"> Через деякий час Микола I доручив М. Сперанському разом з М. Балудянський виконати кодіфікаціонние роботи російського законодавства, за успішне проведення яких останній був удостоєний державними нагородами, а 4 квітня 1826 призначений начальником II відділення у складі новоствореної Імператорської канцелярії (загальне керівництво Микола I доручив М. Сперанському). Всіх професорів, своїх колишніх учнів, звільнених з університету, М. Балудянський взяв до себе у відділення. Робота в II відділенні була пов'язана в основному з підготовкою повного Зводу законів Російської імперії. Після виконання кодифікаційних робіт і видання першого в Росії Зводу законів імператор зазначив провідного вченого грошовою нагородою та дипломом про присвоєння йому і його родині дворянського звання, з римською цифрою XV на гербі, що свідчила про заслуги у створенні 15-томного Зводу законів. При II відділенні почалася підготовка юридичних кадрів. Відповідальним за неї було призначено М. Балудянський, який в 1828 р. розробив навчальний план і склав програму трирічного навчання російських юристів у Росії і за кордоном. Це було вперше в історії російській юридичній науки. Михайло Андрійович направляв на стажування студентів-юристів до Німеччини, Англії, Франції і Чехії. Він постійно дбав про підлеглих. Тепло згадують про нього його сучасники, які працювали в II відділенні. Канцелярський писар Г. Александров підкреслював: "Глибоку любов викликав до себе ... перший із співробітників М. Сперанського М. А. Балудянський, .. до нього ми всі, службовці, ставилися, як діти до батька,., і були почуті ".
У 1833 р. Комітет з наведення порядку в навчальних закладах доручив професорам В. Шнейдер, Є. Врангеля, Р. Штекгардту та ін, під безпосереднім керівництвом М. Балудянського, скласти підручник по природному праву. Не обійшлося і без заздрісників, які всіляко намагалися зашкодити авторитету вченого. П. Баранов зазначає, що коли головний спробував переконати імператора усунути М.Балудянского від ...