будовані тільки: Інститут генетики (роботи над ним були завершені в 1939 році), хоча були створені також проекти будівель інституту Інститут органічної хімії, Фізичного інституту, Інституту металургії та Інститут точної механіки та обчислювальної техніки. Всі ці проекти були здійснені тільки у повоєнні роки. До війни для Академії наук був побудований новий житловий будинок на Великій Калузької вулиці, куди в 1939 році переселився і сам А.В. Щусєв.
У 1940 році було розпочато роботу над проектом будівлі НКВС на Луб'янській площі, як реконструкція одного з прибуткових будинків дореволюційного Страхового товариства «Росія», так і не завершена за життя автора.
З 1947 по 1957 рік у Москві створювався Державний музей російської архітектури (нині Державний науково-дослідний музей архітектури ім. А.В. Щусєва). Його організатором і першим директором був архітектор Н.Д. Виноградов, неодноразово співпрацював з Щусєвим і користувався в даному випадку його підтримкою [1]. Значне місце у діяльності Щусєва в 1940-ті роки займали проекти відновлення міст, зруйнованих у роки війни: Істри (1942-1943), Новгорода (1943-1945), Кишинева (1947) та ін Одним з останніх творінь А. В. Щусєва стала московська станція метро «Комсомольська-кільцева», що відображає торжество перемоги над фашизмом. Це великомасштабна станція, вписана в циліндричний тюбінг самого великого діаметру. На жаль, добудований вже після смерті автора підземний вестибюль з мозаїчними панно за ескізами П.Д. Коріна, був виконаний з дещо перебільшеним рельєфом декору, що не відповідало проекту Щусєва.
Помер Щусєв в Москві 24 травня 1949. Похований у Москві на Новодівичому кладовищі (ділянка № 1).
