Коли 10 травня 1941 Рудольф Гесс здійснив свій переліт до Шотландії, він стверджував, що ідея цього перельоту належить Хаусхоферу, якому нібито постала фігура Гесса, переступати через прикрашені гобеленами стіни англійських замків, і наділеного місією переконати дві нордичні нації злитися в одну.
до 1936 р. нацистське керівництво, очевидно, благоволило до Хаусхоферу (особливо позначалася протекція Гесса). Але після від'їзду Гесса до Англії (1939 р.) Хаусхофер впав у немилість. Старший син Хаусхофера Альбрехт встановив контакти з керівником американської розвідки в Європі Алленом Даллесом і брав участь у змові військових проти Гітлера 20 липня 1944 У зв'язку з цим він був арештований і в квітні 1945 р. розстріляний гестапо в Берліні. Сам Хаусхофер в 1944 р. був укладений на деякий час в концентраційний табір Дахау і вважався майже ворогом народу . Але незважаючи на це, після Перемоги над гітлерівською Німеччиною він був зарахований союзниками до видним нацистам і заарештований в американській зоні окупації Німеччини.
На допитах, а потім і в останній своїй роботі Апологія німецької геополітики "( Apologie der deutsche Geopolitik , 1946 р.) Хаусхофер стверджував, що нацизм використовував геополітику незалежно від геополітиків, істотно перекрутивши основні положення цієї теорії. Він писав, зокрема, що фюрер - недоучка, який ніколи правильно не розумів принципів геополітики , що те завзяття, з яким нацисти взялися втілювати на практиці його геополітичні теорії, призвели самого Хаусхофера в замішання. Хаусхофер заявив навіть, що йому самому не вистачало таланту і знань для наукової роботи , що всі його твори, опубліковані після 1933 , були написані під тиском, що цілі німецької геополітики збігаються з цілями американської геополітики в тому, щоб зрозуміти можливості розвитку народу і його культури на його землі і в межах його життєвого простору і таким чином запобігати конфліктам у майбутньому .
Американці (незважаючи на те, що за кордоном Хаусхофера вважали провісником нацизму і одним із стовпів нацистської ідеології) домоглися того, що Хаусхофер не з'явився перед Нюрнберзьким трибуналом в числі інших німецьких військових злочинців. Він був випущений на свободу 2 листопада 1945 і віддалився в свій баварське маєток. p align="justify"> березня 1946 адвокат доктор Альфред Зейла запропонував допитати Хаусхофера в якості свідка у зв'язку з питанням про діяльність Національної спілки зарубіжних німців. Цей допит міг пролити світло на зв'язок Хаусхофера з гестапо...
