ь ODN до адресується йому РНК (або вільна енергія утворення гетеродуплекса) описує стабільність гібрида ДНК - РНК. D r G може бути виміряна калориметричну [17], або розрахована теоретично [34,35]. При розрахунку вільної енергії Гіббса освіти гетеродуплекса використовується закон Гесса (вільна енергія Гіббса складної реакції не залежить від її шляху) і розрахунки енергій утворення вторинних і третинних структур за правилом В«найближчого сусідаВ» (nearest neighbor rule) за допомогою програми mfold, розробленої Цукером і співавторами . Реакцію можна представити таким чином:
У цій схемі М, O, H - відповідно мРНК-мішень, антисмислової ODN і гетеродуплекс ODN - РНК з урахуванням їх вторинної та третинної структури, М u , O u , H u - відповідно мРНК-мішень, антисмислової ODN і гетеродуплекс ODN - РНК без урахування їх вторинної та третинної структури, D un G (M) , D un G (O ) , D un G (H) - вільні енергії Гіббса укладання їх у вторинну і третинну структуру, D r G, D < i align = "justify"> r G (unfolded) - вільні енергії гібридизації ODN і мРНК в згорнутому і повністю денатурованому стані відповідно.
D un G (M) , D un G (O) , D un G (H) і D r G (unfolded) можуть бути теоретично розраховані. Тоді вільна енергія гібридизації знаходиться за законом Гесса:
Константу рівноваги процесу ассощіаціі гетеродуплекса K 1 можна знайти, виходячи з розрахованої вільної енергії Гіббса процесу гібридизації:
Для оцінки температури плавлення г...
