ано напали на казарми і вбили 22 солдатів, але були розсіяні незабаром після перших вогнепальних залпів. Дукчі-ішана схопили через день, 19 травня 1898 р .; одного за іншим заарештували його найближчих соратників, з двох тисяч учасників заколоту було заарештовано 777 чоловік. Звістка про провал підприємства ішана дуже швидко рознеслася по окрузі і зупинила тих, хто ще тільки готувався здійснити напади на росіян.
На допиті Дукчі-ішан назвав причини свого виступу: після завоювання краю російськими почалася псування вдач; нові власті не дбали про підтриманні моральності і сімейних начал; відбулося відступ від норм шаріату; російська влада хоча й зверталася з народом м'яко, але забороняла паломництво; влада скасувала закят; влада скасувала вакуфние закони.
Генерал М.А. Терентьєв, авторитетний автор, який прослужив в Туркестані сорок років, бачив причини в ослабленні ролі військових в управлінні краєм; недостатність контролю над діяльністю мусульманського кліру; недостатня увага до того, кого вибирають в старшини і казіі місцеві жителі; погане знання російськими властями місцевих звичаїв і мов.
Російська влада глибоко задумалися над релігійно-політичною ситуацією, що склалася в Туркестані. С. М. Духівського було доручено розробити програму перетворення в частині управління духовними справами мусульман краю.
Вже до 1899 С. М. Духівський видав доповідь «Іслам в Туркестані», в якому, насправді була розроблена програма дій. Зокрема, були сформульовані нові принципи конфесійної політики в регіоні: 1) усунення залежності місцевого духовенства від закордонних і російських вогнищ ісламу; 2) ослаблення впливу суфізму на духовне життя туркестанських мусульман; 3) усунення можливості використання вакуфних коштів для антиурядової пропаганди; 4) впровадження європейського початку в програми мусульманських шкіл.
С. М. Духівський пропонував, подібно М. Г. Черняєва, створити окремий Туркестанський муфтіят, однак, влада, як і раніше, побоювалися, що він стане центром антиросійської пропаганди.
Така традиційна точка зору. Однак Ш. Б. Мухаммедів на основі мемуарних матеріалів Г. Федорова призводить іншу точку зору. За словами Федорова: «Духівському був людина не дурний і, можливо, свого часу дуже корисний, але коли він був призначений в Туркестан, то це була вже руїна і в розумовому, і фізичному відносинах. Незрозуміло, як могли призначити таку руїну начальником величезного краю, до якого тільки що приєднали ще дві області. Він не був здатний ні до якої праці і, зваливши весь тягар управління на новопризначеного на щойно засновану посаду помічника генерал-губернатора генерала Іванова, сам буквально нічого не робив, або роз'їжджав з великою помпою по краю, або проживав у Петербурзі, куди неодноразово виїжджав, нібито у справах служби ». Виходячи з цих даних, а також інформації про те, що Наливкин і Іванов були ще при попередньому генерал-губернаторові впливовими особами у справі розробки курсу взаємин з мусульманським населенням, можна констатувати, що С. М. Духівському чи брав участь у створенні проекту реформ. Втім, слід йти від привабливих висновків про роль В. П. Наливкіна. Слід пам'ятати, що як раз-таки цей сходознавець був одним з найзавзятіших противників жорстких заходів щодо ісламу. Навпаки, він ратував за збільшення штату вчених для дослідження життя тубільного населення, наполягав на курсі політики, направленому на взаєморозуміння сторін. У цьому ж проекті, ми бачимо безліч елементів «закручування гайок». В цілому, склалася суперечлива ситуація. Бачиться, що дійсно справедливим буде думка: даний проект готувався не одним обличчям і став результатом творчої діяльності декількох особистостей.
На цей раз, влада витягли потрібний урок. Було створено Духовне управле?? ие мусульман краю. Почалася активна видавнича робота; сходознавці проводили безліч досліджень. Проте в цілому курс не змінювався, а генерал-губернатори виступали в ролі «пожежних»: вони не прагнули працювати на випередження.
Однак робота з дослідження настроїв населення не припинялася. У 1909 р Канцелярія Туркестанського генерал-губернатора, яку очолював В. О. Мустафін, розробляє запитальник для військових губернаторів областей. У даній інструкції було поставлено ряд питань, пов'язаних з настроєм проживаючого там місцевого населення. Складена Канцелярією інструкція складалася з наступних питань:
«1. До якого племені належить населення даного району або округу, його чисельний склад по племенам, спосіб життя (Головне заняття і ступінь економічного добробуту населення).
. Духовний розвиток населення. Число мектебе і медресе. Де отримали освіту мударіси та завідувачі мектеби. Комплект учнів з поділом на місцевих і прийшлих. Навчальні книги. Вакуфи і прибутковість їх. <...
