ію, управлінці краю не могли. Почасти в силу безініціативності, почасти через острах зруйнувати сформовану систему рівноваги. Однак в адміністративних колах Туркестану все частіше стали говорити про іслам як визначальний фактор. Знавці життя мусульман та ісламу в цілому, такі як, наприклад, В. П. Наливкин або Н. П. Остроумов стають неодмінними радниками у справах здійснення політики.
Незважаючи на проявилися вади політики «невтручання», як центральні, так і місцеві органи влади були зацікавлені в її збереженні. М. Г. Черняєв, втім, спробував вжити деякі зміни. Однак, бачиться, що списувати це на якусь прогресивність і далекоглядність мислення вищевказаного діяча не варто. По-перше, відомо, що М. Г. Черняєв був одвічним противником самого К. П. фон Кауфмана. Будь-яке починання «улаштовувача краю» сприймалося їм в багнети. Очевидно, це пов'язано з амбіціями Черняєва, який бачив саме себе на місці Кауфмана. Втім, суть залишається незмінною: ставши генерал-губернатором Туркестанського краю в 1882, М. Г. Черняєв спробував повністю перемінити політику, зокрема щодо ісламу. У релігійному факторі Черняєв бачив можливості для зміцнення влади, вважаючи, що зближення з духовенством дозволить почати контролювати його. Але, як відомо, такі різкі зміни не вважали потрібними в центральних відомствах і Черняєва змістили.
Змінив його Микола Оттонович фон Розенбах в 1884 р, приділяв більше уваги благоустрою регіону в цілому, ніж релігійному питанню. Можна звернутися до спогадів Г. Федорова, начальника Канцелярії Туркестанського генерал-губернатора. «Ретельно риючись у своїх спогадах, я рішуче не можу знайти нічого, що могло б характеризувати управління Розенбаха. Адміністративна машина йшла повним ходом, тобто. Е. Чиновники писали численні папери, генерал-губернатор їх своєчасно і акуратно підписував ».
З приходом А. Б. Вревська через в 1889 р, криза стала ширитися. Відносини з духовенством стали псуватися після того як генерал-губернатор зажадав повсюдного виголошення «молитви за царя» в 1892. Природно, що посилилася конфронтація підстьобувала влади до збільшення «натиску». З другої пол. 1880-х рр. національні окраїни стали піддаватися русифікації, втім, в Туркестані такі заходи застосовувалися здебільшого в освіті.
Влітку 1892 під час епідемії холери в Ташкенті спалахнуло повстання мусульман. Воно було придушене, втім, місцеві управлінці, хоча і були вкрай здивовані такою реакцією «замирення» жителів, уроків не витягли. Влада на даному етапі ще не бачили потреби у вивченні психології мусульманина, його життя і звичаїв. Ташкентський холерний бунт був породженням непродуманих рішень російської адміністрації, яка діяла за шаблоном, виробленому протягом XVIII-XIX століть в Центральній Росії. У випадках виникнення чемний або холерної епідемії в Росії вводилися карантинні заходи: обмежувався в'їзд в місця, породжені епідемією, а також виїзд з цих місць. Так само вчинили влади в Ташкенті, і це обмеження в пересуванні городян і жителів інших населених пунктів викликало невдоволення мусульман. Для поховання померлих від епідемічного захворювання в Росії відводилося спеціальне кладовище, що й було зроблено в 1892 р в Ташкенті. Але в даному випадку, у влади не залишалося іншого виходу: вони були захоплені зненацька, але ситуація не терпіла зволікання: жителі ховали померлих прямо у дворах.
У травні 1898 відбулося Андижанское повстання, яке стало наслідком непослідовної політики російської влади в Туркестанському краї. Причини даного повстання були економічними і соціальними, але, в той же час, і релігійними.
Натхненником і організатором заколоту в Андижані був хтось Мухаммед-Алі (Мадай-Хальфа, Мадай-ішан) на прізвисько Дукчі-ішан, що народився в 1856 р в Кокандском ханстві. За словами М. А. Терентьєва, Дукчі-ішан походив з бідної сім'ї і ніякої освіти не отримав - читати, писати не вмів. У 1874 р у віці 18 років він став послідовником ішана Султанхана, видного суфія, який жив в кишлаку поблизу Андижана. Мухаммед-Алі переймав від свого вчителя ісламську премудрість і одночасно працював на нього, відпрацьовуючи стіл і дах. Він і його соратники влаштувалися в кишлаку Мінг-тюбе, що знаходиться неподалік від міста Андижан (Ферганська область). Плани керівників повстання були досить прості і прозаїчні. Передбачалося вночі напасти на солдатські казарми одночасно в декількох містах - в Маргілане, Оші і Андижані, потім захопити ці міста і відновити Кокандское ханство. А ханом проголосити чотирнадцятирічного племінника ішана. Вважалося, що далі все буде просто: народ підтримає повсталих, підніметься, захопить Самарканд і Ташкент і вижене росіян з Туркестану.
Дукчі-ішан зумів залучити на свою сторону близько 2 тисяч осіб. Вже 17 травня вся ця маса зібралася в Мінг-тюбе і його околицях, і попрямувала до Андижану. Повстанці несподів...
