- Феодор. При похованні святого цар сам з найближчими боярами ніс його труну.
Окремої згадки стоїть історія взаємин царя зі святим митр. Філіпом, який прийняв кафедру московських святителів у 1566. Цар сам вибрав Філіпа, колишнього тоді Соловецьких ігуменом. Іоанн знав подвижника з дитинства, коли він, малолітній царевич, полюбив грати з сином боярина Степана Івановича Количева Федором, майбутнім митрополитом Московським.
У роки боярських усобиць рід Количевих постраждав за відданість кн. Андрію (дядькові царя Іоанна). Один з них був повішений, інший намагався і довго утримувався в оковах. Гірка доля родичів підштовхнула Федора на чернечий шлях. Таємно, в одязі простолюдина він утік з Москви до Соловецького монастиря, де прийняв постриг з ім'ям Філіпа і пройшов шлях від послушника до настоятеля.
Філіп довго відмовлявся від сану митрополита, відговорюючись неміччю і негідність. " Не можу прийняти на себе справу, що перевищує сили мої, - говорив він.- Навіщо малої човні доручати тяжкість велику?" Цар все ж наполіг на своєму, і Філіп став митрополитом. У перший час після його поставлення все йшло добре. Одностайність" священної сугубіци" - царя і митрополита - позбавляло боярські інтриги можливості маневру, якого досягали в їх" кращі часи" протиставленням двох центрів влади - світського та церковного.
Цю можливість вони втратили багато в чому завдяки передбачливості Грозного і самого митрополита, при поставлених" довшого слово архиєпископам і єпископам" і царю (як говориться про це в навмисне складеної грамоті)" в опричнину і царський домовий ужитку не НДТупа і, по поставлении, через опричнини і царського будинкового вжитку митрополії не залишати" . Такий грамотою сама постать митрополита як би виносилася за дужки всіх палацових інтриг і, більше того, позбавляла можливості бояр навіть вимагати його видалення" на спокій" під пристойним приводом" неотмірного" святителя.
25 липня 1566 після літургії в Успенському соборі цар особисто вручив новопоставленого митрополиту пастирський посох його святого предтечі - свт. Петра, з розчуленням вислухав глибоко відчуте слово Філіпа про обов'язки служіння царського і, запросивши все духовенство і бояр в царські палати, радо пригощав, святкуючи набуття такого помічника. Але одностайність государя і першосвятителя було нестерпно тим, хто в своєму високому положенні бачив не підстава для посиленого служіння царю і Росії, а виправдання пихатим і сріблолюбці починанням.
У червні 1567 були перехоплені листи польського короля Сигізмунда і литовського гетьмана Хоткевича до найголовнішим боярам з пропозицією бігти до Литви. Розпочався розшук винних, потім послідували страти. Митрополит клопотав про пом'якшення долі злочинців, але політику царя підтримав. " На те чи зібралися ви, отці і браття, щоб мовчати, боячись вимовити істину?- Викривав він пастирів церкви, мовчазно сочувствовавших страченим.- Ніякої сан світу цього не позбавить нас від мук вічних, якщо зламаєм заповідь Христову і забудемо наш борг пещись про благочестя благовірного царя, про світ і благоденство православного християнства" .
Не приховував свого співчуття до митрополита свт. Герман, архієпископ Казанський.
Але знайшлися й такі, яким самовіддана правдивість митрополита перед царем загрожувала викриттям і опалою. Серед них виділялися: Пімен - архієпископ Новгородський, який мріяв сам зайняти кафедру митрополита; Пафнутій - єпископ Суздальськ...