Калімантані є суттєві християнські поселення (на 25-35%) (головним чином люди Dayak) в Західних, Центральних і Східних Калімантанскіх областях, в той час як в Південному Калімантані морехідні люди Banjar - мусульмани, і є тільки маленьке християнське населення (на 1-2%).
Балійці в основному є прихильниками християнської віри, з декількома мусульманськими областями в східному Балі, в той час як сусідня область Веста Нуси Тенггери (острови Ломбока і Сумбава), який є 96% -им мусульманином, з меншістю живе на острові Балі індуське населення. У Исте Нусе Тенггере (у владі островів Flores і Сумбу, поряд з Західним Тімором), більш ніж 90% населення - християнин, з Flores, майже повністю католицьким, з великим пануванням протестантство на острові Алор, Західному Тиморі і Сумбе.
У Північному Sulawesi 65% населення - Протестант (головним чином люди Minahasa, більш ніж 90% -ий Протестант), з 7% -им католицьким меншістю і більшістю з інших мусульмани. Інші області Sulawesi є преобладающе мусульманськими, але в менших областях є християнське більшість, особливо Тена Тореджа Вест Sulawesi, де 80% - християнин, плюс частини Центрального Sulawesi. Maluku розколотий 50/50 між християнами, протестантами і мусульманами. У Північного Maluku є від 3 до 1 розколу між мусульманами і християнами. У області Papua і Західній області Papua є християнське більшість.
Звіт єгиптянина християнина дванадцятий століть припускає, що церква була встановлена ??в Barus, на західному узбережжі Північної Суматри, однак перше істотне свідчення християнської діяльності йшло з прибуттям португальських торговців в 16-му сторіччі.
Португальці прибули в Султанат Малакки (сучасна Малайзія) в 1509, шукаючи доступ до його багатства. Захоплення Гоа так само як інших мусульмансько-християнських конфліктів переконав мусульман Malaccan, що португальські християни дуже ворожі. У результаті захоплення Малакки, як вважають, збільшив сенс мусульманської солідарності проти християнських португальців, і триваюче опір проти португальців прибуло від мусульманина АСЕХ так само як з Османської імперії. Хоча португальці побудували деякі церкви в португальській Малакке безпосередньо, їх євангелистське вплив на сусідніх територіях було більше негативним, ніж позитивним у проголошенні Християнства.
У той час як португальське релігійний вплив на Малакку і Суматру було дуже незначним, їх місія до Maluku, острови спеції східного архіпелагу були більш суттєвими. Вони приземлилися спочатку на Амбон, де уродженці були вже поляризовані в uli-Ліму (група п`ять) і uli-siwa (група дев'ять), колишній перетворювати в Іслам і з'єднується з яванцям мусульманин, з останніми стримуючими традиційними віруваннями. Португальці виявлялися з'єднаними з ulu-siwa, опозиція якого uli-Лімі зробила Християнство привабливим вибором.
Ісламський Султанат Тернейта шукав патронаж португальців, пропонуючи торгової монополії замість військової підтримки проти конкуруючих місцевих королівств. У 1534, перше римсько-католицька спільнота було встановлено в Хальмахера, результаті звернення до португальців для захисту від Хальмахера проти вторгнень Ternatean, захист висунуло умову, яке виражалося в обіг в Християнство.
Крім того на масове звернення в Християнство вплинуло поселення китайців. Відомо, що перші поселення китайців на північному узбережжі Яви виникли ще в Х столітті. Тільки в ХIII столітті з'являються значні поселення в кілька тисяч чоловік, що перетворилися до ХV століття в основні центри торговельної діяльності китайців. У містах Яви йшла жвава торгівля привозили з Китаю шовком, бавовною, фарфоровим посудом, порохом, ювелірними виробами. Китайські торговці скуповували для відправки в Китай і перепродажу європейським купцям прянощі і олово. При цьому слід особливо підкреслити, що торгівля була настільки успішна і прибуткова, що правителі місцевих князівств нерідко укладали шлюби з китаянками з метою отримати вигідні умови співпраці. Зацікавленість верхівки китайської громади в сімейних зв'язках з місцевими правителями, у свою чергу, пояснювалася прагненням отримати різні привілеї, а іноді і землю у власність разом з проживаючими на ній селянами і навіть доступ до державної влади. Торгівля була головним, хоча і не єдиним заняттям китайців. На Західному Калімантані вони широко практикували заняття сільським господарством. Деякі з них володіли плантаціями перцю і рисовими полями. На Яві китайці споруджували заводи з рафінування цукру з тростини. Міські ремісники в той час були в основному китайці.
У ХVII столітті Голландська Ост-Індійська компанія встановлює монополію на торгівлю прянощами на індонезійський архіпелаг, і китайці стають посередниками та перекладачами у європейців, виступають як постачальники продуктів харчування, оскільки місцеві жителі підчас відмовл...
