як писав Іоффе, був великим мислителем, безперервно розвиває і поглиблює свої уявлення про природу не лише фізичних, а й біологічних явищ.
За словами Фока, Бор останнім часом уникав виразу «неконтрольоване взаємодія» між об'єктом і вимірювальним приладом, вважаючи його недостатньо точним, хоча раніше він нерідко користувався цим виразом. Фок повідомляє, що в розмовах з ним Бор давав високу оцінку діалектиці і відхиляв позитивізм.
Бор віддав належне і ядерній фізиці. У 1936 р. він пояснив механізм перебігу ядерних реакцій. Бомбардир частинка утворювала з ядром мішені складене ядро. Її енергія швидко розподілялася між усіма нуклонами. Через малий проміжок часу один з них або їх певна комбінація набували достатню енергію для того, щоб покинути ядро.
Запропонувавши так звану крапельну модель ядра (1939), Бор розкрив суть процесу поділу урану під дією нейтронів і разом з Джоном Уїлером розробив кількісну теорію цього процесу. Далі, він передбачив імовірність спонтанного поділу ядер - нового виду природної радіоактивності. Ця модель, де поведінка нестабільного важкого атомного ядра порівнюється з делящейся краплею рідини, дало наприкінці 1938 можливість Отто Р. Фришу та Лізі Майтнер розробити теоретичну основу для розуміння поділу ядра. Відкриття розподілу напередодні другої світової війни негайно дало поживу для домислів про те, як з його допомогою можна вивільняти колосальну енергію. Під час візиту до Прінстон в початку 1939 р. Бор визначив, що один зі звичайних ізотопів урану, уран - 235, є, що розщеплюються, що мало істотний вплив на розробку атомної бомби.
У перші роки війни Бор продовжував працювати в Копенгагені, в умовах німецької окупації Данії, над теоретичними деталями поділу ядер. Над Бором нависла грізна небезпека. Керівництво Третього рейху мав намір залучити його до реалізації німецького атомного проекту. Восени 1943 р. Бору вдалося перебратися до нейтральної Швеції. Звідти він разом із сином Оге перелетів до Англії в порожньому бомбовому відсіку британського військового літака. Під час перельоту він ледь не загинув: у літаку для нього знайшлося місце тільки в бомбовому відсіку. Але кисневий шолом йому виявився занадто малий, і під час перельоту вчений мало не задихнувся.
Хоча Бор вважав створення атомної бомби технічно нездійсненним, робота зі створення такої бомби вже починалася в Сполучених Штатах, і союзникам потрібна його допомога. У наприкінці 1943 р. Нільс і Оге відправилися в Лос-Аламос для участі в роботі над Манхеттенським проектом. Старший Бор зробив ряд технічних розробок при створенні бомби і вважався старійшиною серед багатьох працювали там учених; проте його в кінці війни вкрай хвилювали наслідки застосування атомної бомби в майбутньому. Він зустрічався з президентом США Франкліном Д. Рузвельтом і прем'єр-міністром Великобританії Уїнстоном Черчиллем, намагаючись переконати їх бути відкритими і відвертими з Радянським Союзом щодо нової зброї, а також наполягав на встановленні системи контролю над озброєннями в післявоєнний період. Однак його зусилля не увінчалися успіхом.
Після війни Бор повернувся до Інституту теоретичної фізики, який розширився під його керівництвом. Він допомагав заснувати ЦЕРН (Європейський центр ядерних досліджень) і грав активну роль в його науковій програмі в 50-і рр.. Він також взяв участь у заснуванні Нордичного інституту теоретичної атомної фізики (Нордіта) в Копенгагені - об'єднаного наукового центру...