ія набувала роль сильного захисника, як в очах Таджикистану, так і інших державах Центральної Азії. В одному зі своїх інтерв'ю Надзвичайний і Повноважний Посол Республіки Таджикистан в Російській Федерації Р. Мірзоєв заявив:" ... у Таджикистану величезна зовнішня межа з Афганістаном. Ми вважаємо, що це не тільки таджико-афганська межа, а й, насамперед, кордон Росії та Таджикистану з Афганістаном [52].
По-друге, для Росії було важливо забезпечити підтримку більш-менш стабільною внутрішньополітичної обстановки в Таджикистані з тим, щоб уникнути негативної ланцюгової реакції у всьому Центральноазіатському регіоні.
По-третє, Москва використовувала базування на таджицько-афганському кордоні для негласної військової та економічної підтримки «Північного Альянсу» в боротьбі з талібами.
По-четверте, Росія прагнула запобігти спробам окремих громадян і цілих груп, серед яких знаходилися і проповідники ідей «чистого ісламу», незаконно іммігрувати з Афганістану в РТ і далі в Росію.
По-п'яте, Росія спільно з Таджикистаном вирішувала проблеми, пов'язані зі зростаючою загрозою проникнення наркотиків до Росії і далі в Європу.
У квітні 1999 року відбувся офіційний візит Президента Е. Рахмонова в Росію, під час якого було підписано низку важливих документів. У відносинах Москви і Душанбе на перший план був висунутий весь комплекс питань, пов'язаних із забезпеченням безпеки. У зв'язку з цим особливе місце серед підписаних документів зайняли «Договір про союзницькому взаємодії між РТ і РФ, орієнтованому в ХХI століття», і «Договір про статус і умови перебування російської військової бази на території РТ».
У ці роки Росія також приділяла певну увагу і питань економічного співробітництва з Таджикистаном. У 1999 р російський експорт становив 92500000. Доларів США, в 2000 і 2001 рр. відповідно - 105,0 та 129 400 000. доларів США. У 2001 р обсяг зовнішньоторговельного обороту між двома країнами склав 234 млн. Доларів, або 17,5 відсотка від загального обсягу зовнішньоторговельного обороту Таджикистану. До цього періоду в Таджикистані було створено близько 100 підприємств за участю російського капіталу. За сприяння російських організацій були розроблені техніко-економічні обґрунтування поетапного будівництва Рогунської ГЕС, створення спільного підприємства на базі Адрасманского гірничо-збагачувального комбінату і родовища «Східний і Західний Канімансур» з подальшим освоєнням родовища «Великий Канімансур».
Розвиток взаємин з Киргизстаном для Росії з точки зору розширення її присутності і вплив у регіоні, забезпечення регіональної безпеки в якості елемента своєї власної безпеки також представляло достатній інтерес, і в цілому Москва прагнула підтримати більш-менш стабільні відносини з Бішкеком. Крім того, в умовах частої зміни періодів потепління і охолоджування відносин з Узбекистаном, Киргизстан був для Росії свого роду стратегічним пунктом, у тому числі забезпечує транзит до російської військової бази в Таджикистані. Однак слід зазначити, що в цілому регіональні позиції Киргизстану були недостатньо вагомі, що значною мірою й визначало місце Киргизстану в загальній структурі центральноазіатської політики Росії [53].
У цілому ж відносини Росії і Киргизстану не завжди були однозначними. До орієнтації на Москву в якості стратегічної позиції Бішкек прийшов не відразу, спочатку звернувшись до багатьох політико-економічним моделям («Азіатські тигри», Японія, Швейцарія, Китай, американська система).
Наприкінці 90-х років зближенню російсько-киргизьких взаємин багато в чому сприяло досить сильне погіршення обстановки в Киргизстані. В умовах зниження західної фінансової активності, складного становища, як у соціально-економічному, так і у внутрішньо-і зовнішньополітичному плані, співпраця з Росією для Киргизстану стало одним з найбільш значущих напрямків.
У цей період політика і Росії, і Киргизстану характеризувалася пошуком можливих шляхів зближення. У цьому контексті можна відзначити основні напрямки співпраці, у розвитку яких були зацікавлені Росія і Киргизстан.
По-перше, Баткенську події 1999 і 2000 рр., що продемонстрували слабкість киргизької армії і нестійкість суспільно-політичної стабільності, обумовлювали прагнення Москви і Бішкека до розширення військово-технічного співробітництва. У цьому зв'язку Росія надала військово-технічну допомогу для протидії бандформуванням ісламських екстремістів, які вторглися в серпні 1999 р на південь Киргизстану з території Таджикистану, і сприяння в області технічного переобладнання і модернізації засобів охорони держкордону Киргизстану.
В цілому, усвідомлюючи свою вразливість, Киргизстан наполегливо і послідовно виступав за колективні зусилля в боротьбі з міжнародним тероризмом ...