енергія) Е + (відштовхування) ЇЇ + (тяжіння) NE (2)
Після рішення електронного рівняння Шредінгера (2) з метою обчислення поверхні потенційної енергії необхідно назад ввести ядерно-ядерне відштовхування (3).
ППЕ = Еелектрона + (відштовхування) NN (3)
Отримання поверхні потенційної енергії (ППЕ) з використанням цього рівняння потребує вирішення багатьом конфігурацій ядер. У молекулярній механіці електронна енергія в явному вигляді не обчислюється. Ці методи отримують поверхню потенційної енергії з використанням рівнянь силового поля. Рівняння силового поля представляють силову енергію непрямим чином, через параметризацію. p align="justify"> Методи молекулярної механіки (ММ +, AMBER, BIO +, OPLS)
Молекулярно-механічне силове поле використовує рівняння класичної механіки для опису поверхні потенційної енергії і фізичних властивостей молекул. Молекула описується як набір атомів, які взаємодіють один з одним по простих аналітичним функціям. Це опис називається силове поле. Одним компонентом силового поля є енергія, що виникає з стиснення і розтягування зв'язків. Цей компонент часто апроксимується як гармонійний осцилятор і може бути розрахований з використанням закону Гука (7). p align="justify"> алкільний ефект молекула моноподанд
(7)
Зв'язок між двома атомами аналогічна пружині, що з'єднує дві маси. Використовуючи цю аналогію, рівняння (7) дає потенційну енергію системи мас, V, і силову константу пружини, K, рівноважний і зміщене відстані атомів у зв'язку r0 і r. Як K, так і r0 є константами для специфічної пари атомів, з'єднаних певної пружиною, вони є параметрами силового поля. p> Потенційна енергія молекулярної системи в силовому полі є сумою індивідуальних компонентів потенціалу, таких як связевиє, кутові і ван-дер-ваальсови потенціали. Енергія індивідуальних зв'язевих компонент (зв'язку, кути, просторові кути) є функцією відхилення молекули від гіпотетичного з'єднання, яке характеризується мінімальними величинами зв'язевих взаємодій. Абсолютна енергія молекули в молекулярній механіці не має фізичного сенсу, її можна використовувати лише для порівняння між молекулами. Енергії, отримані з розрахунків для даної структури, відносяться до Ентальпії молекул. Однак вони не є ентальпія через те, що тепловий рух і температурно-залежні вклади відсутні у виразі для енергії. p> Молекулярно-механічні розрахунки не можуть описувати освіта або розрив зв'язку, системи, в яких відбувається делокалізація електронів або молекулярно-орбітальна взаємодія відіграє основну роль у визначенні геометрії або властивостей.
ППП HyperChem пропонує чотири молекулярно-механічних силових поля: MM +, AMBER, BIO + і OPLS. Для запуску молекулярно-механічного моделювання потрібно в першу чергу вибрати силове поле. p> Рівняння силового поля для MM +, AMBER, BIO + і OPLS подібні в типах ...
