членів, які вони містять: зв'язкові, кутові, діедріческіе, ван-дер-ваальсови і електростатичні члени. Існують деякі відмінності у формі рівнянь, які можуть впливати на вибір силового поля. p> Метод MM + розроблявся для органічних молекул. Він враховує потенційні поля, що формуються всіма атомами системи, що розраховується, і дозволяє гнучко модифікувати параметри розрахунку залежно від конкретного завдання, що робить його, з одного боку, найбільш загальним, а з іншого - різко збільшує необхідні ресурси в порівнянні з іншими методами молекулярної механіки. Ряд можливостей для зміни параметрів цього методу можна отримати, вибравши кнопку Options у пункті вибору Силового поля (Force field). p> ММ + є унікальним серед силових полів по тому, як воно обробляє зв'язку і кути. Як зв'язкові, так і кутові члени можуть містити вирази більш високого порядку, ніж стандартні квадратичні. Ці зв'язкові і кутові потенціали висловлюють гармонійне рух краще, ніж гармонійний потенціал. p> ММ + також містить член розтягування-згинання, званий член Юрі-Бредлі (Urey-Bradley). Інші силові поля в ППП HyperChem зазвичай оцінюють незв'язні взаємодії для атомів, розділених трьома або більшою кількістю зв'язків (1-4 і великі взаємодії). Член Юрі-Бредлі включає 1-3 взаємодії, які є необхідними для точного моделювання молекули. p> ППП HyperChem доповнює стандартне силове поле ММ2 допомогою додаткових параметрів (силових констант), використовуючи дві альтернативні схеми. Це розширює ряд хімічних сполук, які охоплює ММ +. ММ + також забезпечує обмеженнями для розрахунку незв'язних взаємодій і періодичних граничних умов. p> Метод AMBER розроблявся для білків і нуклеїнових кислот. У ньому існує можливість вибрати опцію або обліку всіх атомів окремо, або опцію об'єднаного атома, під яким мається на увазі група еквівалентних атомів з однаковими властивостями. В останньому випадку кілька атомів, або їх груп, обробляються як один атом з одним типом. + Розроблявся для біологічних макромолекул і багато в чому повторює AMBER.разработан для білків і нуклеїнових кислот. Він подібний AMBER, але більш точно обробляє ковалентні взаємодії. br/>
Розрахунок методами квантової хімії з попередньою оптимізацією методом молекулярної механіки
При розрахунку хімічної системи, програма HyperChem обрану частину системи може розраховувати яких - небудь методом квантової хімії, а решту методом молекулярної механіки. Програма дозволяє проводити подібні розрахунки з використанням усіх напівемпіричних і неемпіричних квантово-хімічних методів. Необхідно пам'ятати, що при оптимізації геометрії системи тільки виділена частина атомів буде змінювати свої координати в ході оптимізації. Решта атоми будуть вносити свій внесок лише як якесь статичне поле, що генерується зарядами на атомах, обчисленими або присвоєними їм раніше. p> Щоб проводити розрахунки в змішаному режимі, необхідно виділити ту частину атомів молекули, яка буде вважатис...
