збройних сил в уряді Автономного Туркестану стали посилюватися позиції прихильників більш рішучих дій. Протистояння між новим містом, де влада перебувала в руках Кокандского ради робітничих і солдатських депутатів, і старим містам, в якому були зосереджені урядова резиденція Автономного Туркестану, міські мусульманські організації, все більш набувало конфліктний характер. p align="justify"> У такій обстановці досить було найменшого приводу для розв'язання військових дій. У ніч на 30 січня 1918 (за сторі стилем) невідомими було спровоковано напад на фортецю, телефонну станцію, будівля Кокандского ради. p align="justify"> Вже 30 січня (за старим стилем) протягом одного дня, були приведені в мобілізаційну готовність сили Кокандского ради робітничих і солдатських депутатів; утворений надзвичайний орган Ревком, була запрошена допомога з Ташкента. У той же день за наказом РНК в Коканд з Скобелєва був відправлений новий загін червоногвардійців з кулеметами і артилерією, а вже наступного дня між ними і формуваннями автономістів "почалися військові дії. Ферганська область була оголошена у стані облоги, через що було вирішено, що всі громадяни Скобелєва від 18 до 45 років, здатні носити зброю, мобілізуються для охорони міста. Ці громадяни повинні були щодня з'являтися на 2 години (з 10 до 12 ранку) у свої райони для навчання військовій справі; в разі неявки порушники поставали перед військово-революційним судом.
Прихильники автономії спішно шукали вихід. А на засіданні Крайової ради робочих, дехкан і солдатів-мусульман, що відбувся 31 січня (за старим стилем), було прийнято резолюцію, де говорилося, що, зважаючи з'ясувало неспроможності і неприпустимою інертності Тимчасового уряду Автономного Туркестану, Крайова Рада воїнів, робітників і дехкан-мусульман одноголосно постановив:
) піддати Тимчасовий уряд аресту.2) прийняти всю повноту влади Крайовому Раді воїнів, робітників і дехкан-мусульман;
) через украй збудженого стану мусульман як у Коканде, так і в околицях, і поголовного озброєння з нагоди поширення чуток про бомбардування старого міста Коканду - призначити начальником міліції Чанишева, якому підпорядкувати всю збройну міліцію.4) просити військово-революційний комітет утриматися від будь-яких активних виступів, щоб попередити оголошення мусульманами по всьому краю війни (газават) .
У результаті невдалих дій, даремних переговорів і посилився в зв'язку з цим невдоволення кабінет М. Чокаева пішов у відставку. Багато членів уряду покинули місто. Оборону автономії взяв на себе начальник кокандской міліції і колишній засланець Іргашев.
лютого (за старим стилем) у Скобелєва відбулися екстрені збори представників громадських організацій міста, скликане Ревкомом, де присутні просили поради солдатських, робітничих і селянських депутатів піти на шлях визнання Автономного уряду і припинити боротьбу за владу .
лютого (за старим стилем) на засіданні Скобелевской міської думи і комітету громадських організацій (після доповіді з питання про події у Фергані членів автономного уряду і Народної ради - Світ Оділа Світ Ахмедова і Кушбегіева, а також голови Ферганського обласної ради мусульманських організацій Дадабаева) була прийнята резолюція, в якій зазначалося, що Міська дума і Комітет громадських організацій м. Скобелєва вважають за необхідне негайно передати владу автономного уряду Туркестану. До сконструйованість органів влади на місцях у Ферганській області заснувати тимчасовий обласний громадський Рада Фергани ". До складу Ради пропонувалося включити всіх присутніх у Скобелєва членів Автономного уряду, а також: трьох представників від обласного самоврядування; двох від громадських організацій; по одному - від обласної ради солдатських і робітничих депутатів, від обласних професійних робочих спілок і від обласних партійних організацій.
У резолюції говорилося, що Дума і Комітет громадських організацій вважають, що Автономний уряд негайно приступить до організації своїх органів влади в області, при конструюванні якої громадський Рада Фергани негайно складає свої повноваження. Виконавчий орган управління областю обирається обласною Радою. Існуючий штаб військ ліквідується. p align="justify"> Проте всі ці заходи, мабуть, вже не могли повернути хід подій на користь уряду Туркестанської автономії, керованої М. Чокаевим.
Більшовицький Ревком на чолі з Є. Бабушкіним відкинув зроблені автономістами пропозиції про створення об'єднаного органу для управління Кокандом і пред'явив вимоги :
