Прикордонні митниці розташовуються переважно в прикордонних зонах, а саме - в пунктах проходження транспортних магістралей через лінію митного кордону та маршрутів переміщення вантажо-і пасажиропотоків. Найчастіше вони знаходяться у великих міжнародних транспортних вузлах: морських і річкових портах, аеропортах, прикордонних залізничних станціях. До прикордонним митним прирівнюються також пункти пропуску (переходу) через митний кордон всіх видів транспорту.
Прикордонні митниці та їх передові митні пости в першу чергу фіксують факт проходження вантажів та транспорту через лінію кордонів, ведуть контроль за міжнародними пасажирськими потоками. Вони перевіряють наявність необхідних товаросупровідних документів, що підтверджують правомірність ввезення іноземних товарів на митну територію, контролюють правильність їх оформлення, направляють відповідну інформацію за процедурами митного транзиту на внутрішні і інші прикордонні митниці, через які проводиться випуск. Такі прикордонні митниці виробляють фактичний випуск експортних вантажів за межі митного кордону Росії, а у виняткових випадках оглядають їх.
Прикордонними митницями в Росії вважаються, наприклад, Балтійська, Білгородська, Краснодарська, Мурманська, Питаловський, Уссурійська і інші митниці, розташовані безпосередньо на державному кордоні РФ.
Внутрішні митниці розташовані в глибині митної території країни, як правило, в адміністративно-територіальних центрах, місцях концентрації підприємств - учасників ЗЕД. Вони створюються також безпосередньо при великих промислово-видобувних компаніях і ведуть свою роботу через митних уповноважених.
Внутрішні митниці несуть основне навантаження з догляду та митного оформлення вантажів, здійснюють контроль за їх доставкою, стягують митні збори, податки і збори та інші митні процедури безпосередньо на місцях. Крім цього, вони ревізують фінансово-господарську діяльність суб'єктів ЗЕД.
Митниці на російської митної території диференційовані, крім того, в залежності від обсягу робіт і чисельності співробітників мають відповідні категорії (розряди), які присвоюються їм ФМС Росії.
Основні завдання митниці відображені у затвердженому ФМС Росії Загальному положенні про митницю і в значній частині реалізуються через підпорядковані їй структури-митні пости, а також у системі взаємодії з територіальними органами виконавчої влади суб'єктів РФ і місцевого самоврядування.
Першорядним завданням митниці є безпосереднє здійснення митної справи на території підвідомчого регіону.
На підставі зазначеної вище і багатьох інших завдань, покладених на митниці, вони виконують складні і різноманітні функції, кількість яких досягає 75. Їх можна відобразити у складі кількох груп взаємодоповнюючих позицій, які повною мірою демонструють специфіку основної діяльності митниці в сфері митної справи. Це економічні (фіскальні), правоохоронні та організаційно-аналітичні групи функцій.
Економічні функції зосереджені на питаннях практичної реалізації митної політики та механізму митно-тарифного регулювання відповідно до чинного законодавства в регіоні діяльності митниці. Ці ж функції реалізуються у зв'язку з обгрунтованим застосуванням митних режимів, в рамках яких декларуються експортно-імпортні товари і переміщують їх транспортні засоби.
