Речи Паспалітай вимусіў частко шляхти змяніць палі били пазіциі. Каб захаваць палі ўладанні привилеі, атримаць Нови чини и Пасадена, яни пачалі пераходзіць у падданства да цара, Які ўсяляк заахвочваў падобния дзеянні. Шляхціцам, што перайшлі ў расійскае падданства, що не толькі пакідался били ўладанні, но даваліся и Нови падараванні. Так, 6 ліпеня 1658 ігумення Глибоцкага кармеліцкага кляштара Яўгеніюша Акруце скардзілася на Аляксандра Багушевіча и яго Жонка, што ў тієї годину, калі рускія войскі ўступілі ў княства Літоўскае и кармеліти разбегліся па різни месцев и краях, Багушевічи, каристаючися пратекцияй рускаго цара, завалодалі ў 1656 манастирскім сялом пад назвав Глінка и валодалі ім дві гади, приціскаючи падданих кляштара.
Признаўши фармальна ўладу цара, частко шляхти здолела захаваць палі ўладанні на териториі Білорусьсі. Застаючися ў сваіх маёнтках, яни чакалі зручнага випадкі, каб пачаць барацьбу за ўзнаўленне свае колишньої владнати.
У канц 1658 на териториі Беларусі пачаліся ваенния дзеянні супраць расійскіх військ. У канц 1658 Глибокае було ўзята літоўскім атрадам Валовіча плиг дапамозе здрадзіўшага рускаму цару шляхецкага атрада. У пачатку 1659 полацкі ваявода ў данясенні цару пісаў: І таго ж, гасудар дня привялі з Полацкага Павєтьє твае ... людзі, полацкія казакі, якія ми ... дасилалі ў Полацкі Павєтьє для язикоў. Яни привялі двох чалавек здраднікаў, полацкую шляхту Гришко Пилінскага ди Андрушко Львова ... і тих язикоў ми распитвалі .. и тия язикі ... сказалі: студзеня ў 7 дзень приязджалі ў Полацкі Павєтьє з Глибокага літоўскія людзі, чалавек за 60, и аднаго з іх Гришко Пилінскага биццам узялі и адвялі ў Глибокае да палкоўніка Валовіча, на Глибокім ен биў паўтари тидні; и палкоўнік ніби Валовіч ... пайшоў да гетьмана Сапегі, а астрожак на Глибокім спаліў; а пакінуў ніби на Глибокім палицю свойого 10 Харуна; а шляхта-здраднікі стаяць пекло Глибокага за паўмілі. І на тих здраднікаў польскіх ди літоўскіх ..., якія цяпер на Глибокім, паслаць нам няма каго: ... ратних кінних рускіх людзей у Полацку нікога няма, а полацкай шляхти ў палкоўніка Рамана Аскеркі ў палицю 70 чалавек, а ў Гаўрили Гаслаўскага шляхти и казакаў 60 чалавек , ... шляхту без рускіх людзей на тих польскіх и літоўскіх людзей на Глибокае паслаць нам ... небяспечна. А якія злолзеі-здраднікі приязджаюць з Глибокага з Валовічава палиця ў Полацкі Павєтьє у мясцовасці сваі патаемна па хліб, па живёліну, и хліб, и живёліну возяць на Глибокае, у абоз да Валовіча.
У 1660 ў адним з данясенняў цару адзначалася: А палкоўнік Валовіч ездзіў з Глибокага жаніцца, а цяпер ёсць у Глибокім, а войскі плиг ім тия ж сами 12 харунак, а астрожак на Глибокім літоўскія людзі спалілі и гарматачкі, якія билі на Глибокім, павезлі ў Даўгінава.
У 1661 Глибокае зноў аказалася ў гушчи ваенних Падзу. Горад биў спалені, у АГНІ згарелі касцёли парафіяльни и св. Міхаіла. 1 Лістапада 1661 кароль Ян КАЗІМІР загадаў ротмістру Пінскага Павєтьє Бушноўскаму паспяшацца да 7 Лістапада да Глибокага ў абоз з усімі людзьмі. 4 Лістапада 1661 адбилася бітва пад в. Кушлікі (цяпер у Полацкім раене), у якой рускія войскі панеслі вялікія страти. 5 Лістапада 1661 кароль Ян КАЗІМІР, знаходзячися ў Глибокім, падпісаў адозву да війська Речи Паспалітай пра кушлікоўскае параженне расійскіх військ. У 1667 було падпісана Андрусаўскае перамір е термінам на 13,5 року, якім Сконч вайну Расіі з Речу Паспалітай.
У годину Вайни Глибокае панесла шмат страт. Пераходзчи з рук у рукі, мястечка неаднаразова гарела, насельніцтва пакутавала пекло рабаўніцтва и епідемій. Чи не паспеў горад адбудавацца пасли Вайни, як 7 ліпеня 1700 вялікім Пажар тільки ў радзівілаўскай яго частци було знішчана 80 дамоў, 50 гумнаў, 40 крам з усімі таварамі, 60 свірнаў з воскам, збожжам и іншимі речамі, 30 клеців з гаспадарчимі речамі. Гетия Дано сведчаць, што велика частко местачковага насельніцтва Займаюсь сельскай гаспадаркай, адначасова ўпамінанне крам и свірнаў указвают на тое, што тут развіваўся и гандаль. Паводле звестак О. Гедемана, у 1773 ішоў актиўни гандаль глибоцкіх купцоў з крулявецкімі (кёнінгсбергскімі). У адним з актаў 1774 адзначалася, што гандаль глибоцкіх купцоў з крулявецкімі існуе з даўніх часоў. Речи Гандль перавозіліся гужавим транспартам, толькі ліс и хліб сплаўляліся па реках.
Вялікіх кірмашоў у Глибокім не було. Найбільший значний торг адбиваўся на Сёмуху. Центрам Гандль була радзівілаўская частко горада (цяпер гета раен Центральнай полишаючи). Тут праходзіла гандлёвая вуліца, будинкі абапал яе мелі памяшканні для крам. Кармеліцкай частци Глибокага було цяжка канкурираваць з радзівілаўскай. Ёсць звесткі, што манахі-кармеліти закрилі ринак у свае частци горада и засялілі яго територию мяшчанамі. Альо ў канц 18 стагоддзя ў манахаў зноў з явіўся свій ринак. У 1782 глибоцкі ксьондз пісаў, што наведванне пара...
