нших музеїв Криму не встигли вивезти. Знявши Крим німці викрали багато художніх цінностей, з них 537 творів живопису та графіки. Лише невелику частину картин вдалося розшукати після війни і повернути в палац. При відступі гітлерівці хотіли підірвати Воронцовський палац, але стрімкий наступ Приморської армії і Ялтинського партизанського загону завадило знищити історичний пам'ятник.
Одне з переконань полит бюро СРСР було таким, що війни не буде, відповідно, готувати культурні цінності до евакуації - зайве. Напередодні війни в Алупку навіть привезли виставку картин художників-передвижників. І ось, «несподівано», війна нагрянула. Цінне майно музею стали терміновим чином складати в ящики і вивозити в Ялтинський порт, всього було вивезено 144 ящика з музейними експонатами.
Всі ці цінності мав вивезти теплохід «Вірменія», але він був затоплений недалеко від Ялти, так і не встигнувши причалити до порту.
Було ясно, що окупація неминуча, фронт швидко наближався до Криму, В Алупці, в Ялті почалася паніка, хто міг - виїжджав. Всі співробітники музею були звільнені, залишився тільки один - Щеколдін Степан Григорович, який був визнаний непридатним для стройової служби у зв'язку з поганим зором.
Рішенням ОБКОМУ Воронцовський палац повинен був бути підірваний винищувальних батальйонів, але з великими труднощами Щеколдін вдалося запобігти вибуху, відрадити начальство від цієї ідеї. По суті, Щеколдін залишився єдиним хранителем цінностей музею від варварства як НКВС, так і окупаційних військ противника. 6 листопада 1941 року. Алупку стали окупувати німці, ходили чутки, що перші три дні окупації Гітлер дозволив грабувати «переможцям».
Музей продовжував працювати при німцях, Щеколдін призначили «хранителем» палацу музею, доглядачка також змогли повернутися на свою роботу в музей. На прохання Щеколдін комендатура видала дозвіл і машину на транспортування експонатів, що знаходяться в Ялтинському порту. Коли Щеколдін прибув в Ялтинський порт, він з жахом побачив розграбовані ящики з музейними цінностями: «Склад був розкритий навстіж. Страшно і боляче було бачити: на підлозі валялося кілька аркушів гравюр, затоптаних брудними чобітьми; на одному з розкритих ящиків стояла ваза з порцеляни Веджвуд (з Блакитній вітальні)! З 43-х ящиків, вивезених з музею, 7 були розграбовані повністю (решта 101 ящик були вивезені тільки в середині березня 1942р) ... У Ялті адже були ті ж два дні погромів, що і в Алупці, значить, цінності музейні грабували і фашисти, і наші громадяни? »З ящиків вдалося відновити експозицію музею, а самі ящики знищити, тим самим запобігти вивезенню цінностей німцями до Німеччини. Пізніше під склад були зайняті приміщення палацу: Блакитна вітальня, Зимовий сад, а парадну їдальню і ситцеве кімнату вдалося вберегти від цієї долі. Щеколдін наполіг на тому, що приміщення палацу не можуть бути складом, комендант пообіцяв звільнити палац через 2 тижні і дотримав обіцянку.
Але не все було так просто з новою владою міста, комендант або інший офіцер міг вимагати будь-яку цінність з палацу тільки заради комфорту, відмовити" господарям життя" було дуже ризиковано, експонати доводилося рятувати, ставлячи під загрозу власне життя.
У той же час в Шуваловском корпусі палацу розташувалася німецька частина, знайдені німцями книги викидалися з вікна.
Одного разу комендант викликав Щеколдін і наказав: «Припинити роботу! Жодної людини в палаці! Ключі здати в комендатуру! ». Фашисти могли почати господарювати і грабувати, але Степану Григоровичу вдалося домогтися, щоб йому дозволили хоча б години дві працювати в музеї, пізніше цей час збільшилася, і можна було працювати не одному, після зміни коменданта ключі можна було вже не здавати, і робота музейних співробітників відновилася.
У середині березня 1942р. штаб Розенберга видав охоронну грамоту. Маючи такий документ зі штабу вдалося зберегти музей від грабежу. Ця грамота захищала музей не тільки від простих солдатів, а й від генералів, все йшли «з носом», ознайомившись з документом. Крім грамоти, Щеколдін «присвоїли» звання професора, побоюючись того, що його місце можуть замінити німцем. Професором Степан Григорович не став перечити. Крім того, «начальство» наказало зберегти ящики в цілісності (101 ящик). Це значило - полегшити грабіжникам вивіз музейних цінностей до Німеччини. Зима була сувора, з дозволу Щеколдін співробітники розбивали ящики і користувалися ними для опалення будинків, так і були витрачені всі ящики. «Начальство» відвідують і оглядало музей раз на місяць, спочатку їм показувалися тільки ті кімнати, які їх цікавили, пізніше огляд став більш уважним. У бібліотечному залі були троє дверей, окрім вхідної: стінна шафа, вхід в бібліотечну вежу і в кімнату, яку називали «залізною» - по суті великий сейф з 30 сантим...
