оз'їздах по єпархіях, в яких Первосвятитель відновлював церковне життя після монголо-татарського розорення. Тим не менш великий першоієрарх, який помер у Переславлі-Заліському, все ж був похований у Софії Київській. Близько 1299 наступник Кирила - св. митрополит Максим - остаточно залишає розорений і занепало Київ і переносить свою резиденцію у Володимир-на-Клязьмі, під захист князів Північно-Східної Русі. Однак і сам Максим, і його наступники продовжують зберігати титул митрополита Київського і всієї Русі, а Софійський собор - статус кафедрального митрополичого собору. І все ж Предстоятелі Руської Церкви рідко відвідують його, і древній собор продовжує старіти. Часті і спустошливі набіги татар і литовців ще більш прискорюють його руйнування.
У XIV в. велика частина західно-руських земель увійшла до складу Великого князівства Литовського. Литовські правителі - Гедимін і його нащадки - прагнуть розділити перш єдину Руську Церкву і створити окрему Литовсько-Руську митрополію, щоб їх православні піддані (а вони становили тоді більше 90% від усього населення Литовського князівства) не залежали від митрополитів Київських і всієї Русі, що переселилися з часу св. Петра і св. Феогноста в Москву. Іноді Литовським князям вдавалося домогтися поставлення окремого митрополита для Литви, який у такому разі міг оселитися в Києві, при Софійському соборі. Так, при Ольгерде в болгарському Тирнові був в порушення канонів поставлений на митрополію Литовської Русі Феодорит, який намагався утвердитися в Києві, але не дуже в тому досяг успіху. Софія Київська якийсь час служила митрополією і для інших ставлеників Ольгерда - Романа і Кипріяна. Однак до відродження Софійського собору ці короткочасні епізоди не привели. Коли в першій чверті XV в. великий князь Литовський Вітовт знову намірився поставити митрополита для Литовської Русі, його ставленик - Григорій (Цамблак) - оселився не в розореному і небезпечному Києві, а в Новогрудку, неподалік від столичної Вільни.
Надалі, після того, як стало остаточним поділ єдиної Російської Церкви на дві митрополії - автокефальну Московську і Києво-Литовську (в юрисдикції Константинопольського Патріархату), Софійський собор продовжує лише формально вважатися головним храмом останньої. Митрополити Київські лише зрідка навідуються сюди з Новогрудка і Вільни. Храм як і раніше продовжує страждати від набігів кримських татар. Так, він був розграбований кримчаками в 1497 р. Тоді ж татарами був убитий митрополит Київський св. Макарій, який їхав до Києва, щоб привести в порядок розорений кафедральний собор [1].
Захоплення собору уніатами
Руйнування, заподіяні собору протягом XVI в., були настільки великі, що, за словами сучасника, колись величний собор стояв у цей час вже без покрівлі. Ймовірно, в ці ж роки в Софії Київській припиняються богослужіння. Інакше важко зрозуміти, як собор змогли захопити уніати, хоча лише на короткий час. Це сталося після укладення в 1596 р. Брестської унії. Влада польського короля в Києві була не надто сильна, і православні зуміли тут організувати рішучий опір унії, насаджуваної Сигізмундом III. Православні кияни відбили спроби католиків захопити Києво-Печерську Лавру та інші київські храми. Однак нечисленні зрадники Православ'я зуміли утвердитися в покинутому Софійському храмі і утримували його близько трьох десятиліть. Правда, розпорядилися вони православною свят...